鱼类脂肪消化吸收的主要部位在肠道前部(胆管开口附近)，但肠内的脂肪酶大多数并非由肠粘膜本身分泌，而是来自肝、胰脏(胆管、胰管导入)。饲料中的中性脂肪在脂肪酶的作用下分解为甘油和脂肪酸而被吸收。但近年来研究表明，在肠道内并非所有的中性脂肪都要在完全水解后才能被吸收，一部分甘油一脂、甘油二脂及未水解但已乳化的甘油三酯也可被肠道直接吸收。
鱼类能有效地利用脂肪并从中获取能量。鱼类对脂肪的吸收利用受许多因素的影响。其中以脂肪的种类对脂肪的消化率影响最大。鱼类对熔点较低的脂肪消化吸收率很高，但对熔点较高的脂肪消化吸收率较低；此外，饲料中其它营养物质的含量对脂肪的消化代谢也会产生影响。饲料中钙含量过高．多余的钙可与脂肪发生螫合。从而使脂肪消化率下降。饲料中含有充足的磷、锌等矿物元素，可促进脂肪的氧化，避免脂肪在体内大量沉积。维生素E与脂类代谢的关系极为密切，它能防止并破坏脂肪代谢过程中产生的过氧化物。胆碱是合成磷脂的重要原料，胆碱不足，脂肪在体内的转运和氧化受阻，结果导致脂肪在肝脏内大量沉积并诱发脂肪肝。
