近些年来，各地大力发展银杏生产，作为农民增收的途径之一。但在生产实践中，常遇两种病害制约：一种是“白果幼苗茎腐病”，另一种是“白果褐斑病”。这两种病害都是借雨水传播，引起再侵染。
“白果幼苗茎腐病”是一种典型的茎部病害，表现症状是“下垂”、“上扩”、“中生核”。“下垂”存在二种情况，一种是在发病初期，幼苗茎基部贴近地面处变污褐色，稍向下垂。另一种情况是在发病中期，叶片下垂不脱落。“上扩”就是在发病中期，病斑逐步包围银杏苗子的茎基部，并很快向上扩展。“中生核”就是在发病中后期，茎上皮层稍皱缩，病菌继续侵入木质部和髓部，且髓部变暗褐色，中间逐渐空茎，并产生黑色小菌核，以后病害扩展到根部，最终导致下部整个根系皮层腐烂，上部植株枯死。一般情况下，在入梅早、且梅雨季节持续时间短的年份，发病早而严重，造成死苗，严重时死苗率达90％以上。
“白果褐斑病”是一种典型的叶片病害。表现症状是病斑大联合，即初生红褐色并具有暗色边缘的圆形小斑，随后沿叶脉扩展，多数小型病斑可汇集连合成不规则的大病斑，形成联合体，最后可将银杏树叶片的大部分予以覆盖，病斑双面散生黑色小粒点（分生孢子盘）。在夏秋季节遇上高温、高湿的气侯条件有利于发病，造成早期脱叶、植株生长衰退、生长势减弱、影响抽发新梢与挂果，但不至于死苗、死树。
防治银杏“两病”，关键是要加强管理。具体对策是：
加强银杏园管理。对栽植银杏树的园地，切实做好冬季清园工作，及时清除田园里的残枝落叶，以减少越冬菌源；结合银杏园培土，及时铲除园中杂草；在雨季，及时搞好清沟排渍，以降低田间湿度，增强树苗的抗病性。
加强肥料管理。要求底肥和追肥均应以有机肥料为主，以促进树苗生长健壮，提高植株的抗病能力。
加强温光管理。在高温季节，在苗床架设遮阳棚、加盖遮阳网；在发病季节，可用稻草覆盖苗床，从而降低光照强度、土壤温度，降低发病率，促进银杏苗木生长健壮。
加强化学防治。化学药剂可选用400克／升氟哇唑乳油（又名贵星）8000～10000倍液，或62.25％代森锰锌·腈菌唑可湿性粉剂（又名星洁）600倍液，或10％多抗霉素B可湿性粉剂（又名宝抗）800倍液均匀喷洒在幼苗或成龄银杏树叶片上。
