据翟虎渠透露，“十二五”期间，中国农业科学院的主要任务是紧紧围绕中国特色农业现代化建设，以发展高产、优质、高效、生态、安全农业为目标，以促进现代农业发展为主线，立足世界农业科技前沿，着力加强农业科学技术原始创新，积极抢占农业科技竞争制高点，突出解决农业生产重大科技问题，培育一批具有重大应用价值和自主知识产权的突破性科技成果；紧密围绕农业部中心工作和农业农村经济发展热点问题，努力提高农业科研的针对性、实效性，创新农业科技成果转化与推广机制体制，强力支撑农业农村经济发展；大力实施领军人才培养工程、科技创新团队建设工程、海外高层次人才引进工程、青年科技创新人才培养工程、科研辅助人才优化工程等五大科技人才专项培养工程，培养凝聚一批优秀的领军人才和结构合理、动态优化的创新团队；深入推进国际合作全球战略布局，建立重大国际合作平台，争取重大科技合作项目，全面提升国际合作能力和国际影响力；以支撑自主创新能力提升为中心，以重大科研设施、科技平台体系、试验基地体系建设为重点，以国家投资为主体、多渠道资金支持为保障，全面、快速推进现代科研院所基础条件建设，形成一批高水平的农业科技创新平台和成果转化基地，为科技创新提供强有力的物质基础；以引领全国农业科技事业发展为目标，加强科研协作，构建新型高效创新与转化协作体、推进学科建设共同体、搭建学术交流载体，着力构建科研协作长效机制，引领凝聚全国农业科研力量协作创新；坚定不移地加强党的建设、创新文化建设、精神文明建设，构建和谐院所，营造风正气顺的科研氛围，为科技创新和改革发展奠定坚实基础。
据了解，“十一五”以来，中国农科院紧紧围绕国家重大需求，以现代农业发展支柱学科群建设为先导，以提高自主创新能力为核心，扎实推进“三个中心、一个基地”建设，取得各类科技成果643项，获奖成果336项，其中国家级一等奖2项、二等奖23项，省部级奖152项；获各项专利授权675项，获审定新品种358个、新品种保护权78项、新兽药证书36个、软件著作权201个；中国小麦品种品质评价体系建立与分子改良技术、矮败小麦及其高效育种方法的创建与应用荣获国家科技进步一等奖；获得了转基因三系杂交棉、超级稻、禽流感-新城疫重组二联活疫苗、植酸酶玉米等一批具有自主知识产权、世界领先的重大农业科技成果，不断涌现的突破性成果引领了全国农业科学技术的创新和发展。在科技兴农方面成效显著，共组织科技下乡7.2万人次，举办现场展示会、观摩会、技术培训、技术讲座、技术咨询等活动1.1万场次，直接或间接培训基层技术人员和农民283万人次，发放科技图书、资料等1468万份，推广新品种1722个、新技术153项，新品种、新技术示范推广面积累计4亿亩，推广禽类18亿羽、牲畜6300万只（头）；应用“矮败小麦”育种技术已育成32个新品种；国产抗虫棉的种植面积已占到全国抗虫棉种植面积的95%，全国累计推广1.67亿亩，新增产值超过470亿元；以“中双9号”为代表的一批双低油菜新品种，年均推广2500万亩，覆盖我国油菜种植面积的1/3以上；大豆新品种“中黄13”累计推广3000多万亩，“中黄35”创亩产402.5公斤新记录。农业科技国际合作与交流不断深入，已与81个国家、CGIAR等33个国际组织、6个跨国公司及盖茨基金会建立了合作关系，组织申请各类国际合作项目800余项，组织召开100多个大型国际会议、科学家峰会、学术专题研讨会和培训班，国际地位显著增强。创新团队整体效应逐步显现，全面启动的科技创新团队建设工程已遴选出首批13个院级优秀科技创新团队、90个所级重点科技创新团队，基本形成了以院士为“龙头”，以国家级专家、部级专家、政府特殊津贴专家、杰出人才为主体的高层次专业技术人才队伍。科技基础设施和科技平台建设迈上新台阶，新争取国家农业图书馆、国家农业生物安全科学中心、国家畜禽改良中心等重大科研设施类项目7个，完成了农产品质量标准与检验检测中心、航天育种工程建设，中国农作物基因资源与基因改良重大科学工程通过了国家验收；新增省部级以上科技平台120个，其中国家重点实验室1个，农业部重点实验室12个，国家工程实验室1个，国家工程技术中心4个，农业部转基因质检中心9个，国家农产品加工技术专业分中心8个，农业部野外台站4个，极大地提升了科技平台的运行效率和水平。“十一五”目标任务的圆满完成，为中国农科院实现新时期跨越发展奠定了坚实基础。
