贷款结构也有所变化。对此，银监会农村合作部主任藏景范在2010年全国农村金融机构监管会议上明确要求，要严格控制流向城市区域的非涉农贷款，一律不得承接大中银行限控行业压缩退出的贷款，禁止受让两高一剩行业、政府融资平台公司等贷款。
藏景范称，对于贷款投放顺序，要做到有先有后，把农户、农村中小企业作为信贷优先支持的重点，把农民工、农机大户、种粮大户、农业产业化龙头企业等列入优先支持对象，把粮食生产、小城镇建设、农村科技等作为重点支持对象。
这也得到了一定程度的执行。
比如，山东省农合机构去年各项贷款超过5200亿元，其中涉农贷款余额3927亿元，占全部贷款的76.9%，较年初增加665亿元，比上年多增14.6亿元，新增额占全部新增贷款的92.8%。
从全国数据看，全国农合机构的涉农贷款达到3.92万亿元，比上年增加8132亿元，占各项贷款比重达到68.4%，占银行业涉农贷款总额的1/3。从结构看，农户贷款2.07万亿元，占银行业农户贷款余额的79.3%。
2012年消化所有挂亏
全国农合机构整体抗风险能力有所增强，不过仍不乐观。
截至去年末，全国农合机构贷款损失专项准备1942亿元，比上年增加339亿元，拨备充足率83.4%，拨备覆盖率60.6%，提高了23个百分点。
尽管农合机构拨备力度加大，但是绝大部分省份的实际情况与监管要求有明显的差距。全国农合机构的整体拨备缺口达2200亿元。全国只有浙江、福建、重庆、深圳等9个省份拨备覆盖率达到150%的审慎监管指标。
银监会准备从2011年起对农合机构拨备提取进行监测考核，采取拨备覆盖率和贷款拨备指标分别按照100%和150%的标准计算缺口，对差额部分要制定分年补提计划。全国农合机构整体在2013年前整体覆盖率达到100%，银行类机构在2016年、信用社在2018年前达到150%，同时达到贷款覆盖率不低于2.5%的要求。
此外，多达562亿元的历年亏损挂账也不容忽视。
2010年，监管部门希望历年挂亏“必须”下降到290亿元以下。不过最终并未实现这个目标。
上述官员称，“历年挂亏的存在是机构风险积累的最直观表现，化解进度直接反映出机构的经营管理能力。”从总体看，全国仍然有17个省份的538家机构的历年亏损没有全部消化。
各地相关银监局则被要求督促省联社进行全面摸底，组织逐家制定消化计划，确定分年消化额度。原则上，2011年年底前要全部消化4级（含4级）以上机构的历年亏损，明年年底前全部消化5级机构亏损。
在消化存量挂亏的同时，新增亏损则被严格控制。
对于亏损额增加的机构，则被要求限制员工特别是高管人员薪酬，必要时甚至要责令更换高级管理人员。对存在历年挂亏的机构，要先弥补后分红，并不得以现金形式分红。
同时，银监会也要求省联社可适当降低或者取消亏损挂账机构的管理费用分担，并且自营业务的收益分配向这些亏损机构倾斜，此外还要协调地方政府给予支持。通过这些手段增加挂亏机构的收益，加快消化历史挂亏的进度。
