比如捕捞量下滑、金枪鱼尺寸变小，以及在公海上越来越难追寻金枪鱼踪迹，不过这些问题也是其他金枪鱼捕捞国需要面临的问题。
SharifC.Sutardjo强调称，除上述问题之外，长鳍金枪鱼、黄鳍金枪鱼、大眼金枪鱼和蓝鳍金枪鱼物种数量已经达到警戒线，如今只有鲣鱼数量相对充足。
为应对这些挑战，印尼海洋事务及渔业部（MMAF）积极促进金枪鱼捕捞业的可持续发展，部长SharifC.Sutardjo表示会在近期前往巴厘岛参观一家名为“贝诺瓦金枪鱼渔业”的研究院，该研究院一直致力于研究如何确保印尼地区金枪鱼捕捞业可持续发展和如何满足全球市场需求。
印尼渔业政策主要依据全球金枪鱼管理的区域性金枪鱼渔业管理机构（RFMO）。印尼成为全球三大区域渔业管理组织成员之一，三个区域渔业管理组织分别是：印度洋金枪鱼委员会（IOTC）、南方蓝鳍金枪鱼委员会（CCSBT）和中西太平洋渔业委员会（WCPFC）。
印尼海洋事务及渔业部（MMAF）有关金枪鱼捕捞业的主要工作重点是继续关注海外延绳钓渔船动态和贝诺瓦金枪鱼渔业研究院数据收集的信息，包括捕捞区域、金枪鱼尺寸、金枪鱼运输、海水温度以及捕捞深度。
