辉南县积极围绕畜牧、中药材、林果、蔬菜等具有明显竞争优势的产业组建农民专业合作社，实现了农民专业合作社在全县特色产业领域的全覆盖。截至目前，全县农民专业合作社达700家。
近年来，辉南县按照“以科技为支撑，以市场为导向，加大政策倾斜力度，推进特色产业基地建设，加快长白山特色产业群发展”的理念，继续扩大优质稻、中药材、棚膜蔬菜、黑猪、肉兔、梅花鹿等特色产业规模，提升特色产业的整体竞争力。现在，农民专业合作社已成为该县现代农业经营主体，形成了“建一个组织，兴一地产业，活一方经济，富一方百姓”的新格局。越来越多的农民选择集聚在农民专业合作社旗下抱团发展，从而有效地把当地农业资源优势转变为农业品牌优势，把农业品牌优势转变为市场优势。
目前，该县注册了绿色、有机和无公害农产品80个，“吉珍”、“楼街高丽香”、“大柳河”、“北国贡”、“聚水乡”等农产品品牌享誉省内外。
