由于受有害真菌影响，厄瓜多尔咖啡出口连续三年下滑。近年来，拉美咖啡种植业深受咖啡叶锈病（CoffeeRoya）困扰，厄瓜多尔也未能幸免。自2012年，厄咖啡豆出口累计损失2000万美元，近三年前五个月的出口额分别为2880万美元、1480万美元和970万美元，每年跌幅均在30-40%之间；咖啡豆加工而成的咖啡成品2012年前五个月出口额6100万美元，2013年同期增长至7860万，而今年又降至6150万美元，回归2012年水平。
为重振本国咖啡种植和加工业，厄农牧渔业部开展对咖啡品种更新的项目，从巴西进口85吨抗病虫害咖啡种子，已更新咖啡树种面积20000公顷。厄瓜多尔咖啡和相关产品主要出口到哥伦比亚、美国、德国和波兰。
