在实际中已经发生了这样的问题。例如，某省仅仅给种稻谷的农民提供“直补”，而对种小麦的农民不补，农民有意见。还有的地方给种植面积大的农户补，对小农户不补。对这类做法，部分农民也有意见。再比如，已经有政策要给农村独生子女家庭的父母提供养老补助，可是户籍统一以后，一些农村老人住在县城，在身份上与城市居民没有区别，补贴还怎么发放？能不能按土地补？好像不行。一些城市人租种了农地，搞休闲农业，他们应该获得政府农业补助吗？这些问题都需要研究解决。
为了帮助农民获得平等权利，需要取消专门针对农民的身份歧视，这是一种进步。而为了更有效地支援农业发展，需要识别农民的身份，这是更大的进步。看起来不在于要不要有身份的规定，而在于身份规定的经济含义是什么。需要作一种技术性的研究，在身份规定方面提出一个方案，与农村整体改革协调起来。笔者早已建议，国家应出台“注册农业经营者制度”，以解决这个问题。
居住证制度：长久制度还是权宜之计
户籍制度改革当然不是仅仅要解决1亿农业转移人口的进城问题。事实上，目前进入各类城市且没有在城市获得户籍登记的农业专业人口总量在3亿左右。他们中的大部分人目前没有居住在可以称为“合法标准居所”的房屋里。从长远看，我国的城市化率应达到80%左右，留在农村从事专业化农业的人口充其量1亿左右，再多就意味着农业现代化水平上不去，城乡差别无法消除。所以农业转移人口陆续进入各类城市，将是长期现象。
离家上千里、长期在大城市工作、但又没有能力购买城市住房的农民兼业者如何登记户籍？只要中国的“二元经济结构”不转化，农民的“候鸟式”兼业现象将不会消除。这个问题，单单靠城市管理是不可能解决的。如果我们的土地制度再作深入改革，劳资关系再作进一步调整，农民可以在土地市场上交易自己的财产权，辅以城市房价相对下降，这部分农业转移人口才能在城市买得起、住得起房屋，由“候鸟”变为“留鸟”。但完成这个转变需要较长的时间，且一定要尊重农民意愿。
目前，大城市政府暂时可以把部分农民兼业者看作“工作场所居住”的人，他们的户籍保留在原居住地，同时，他们的社会保障账户与纳税义务也归于原居住地。城市政府可以对这部分人口发给“居住证”。当然，城市政府需要对工作场所的居住条件予以规范，尽量解决务工者的困难。
新户籍制度时代：如何保护农民利益
按照新的改革意见，即使农业转移人口获得了城市户籍，他们的集体经济收益权、房屋及宅基地保有权与农地承包权都将予以保留。这个规定是必要的、正确的。没有这个规定，大部分农业转移人口宁愿继续实行旧的户籍制度。
今后的配套改革还是要本着“市场发挥决定性作用”的思路去推进。户籍制度改革除了人道主义的初衷以外，更有建立城乡统一的劳动力市场的改革意愿。但这只是市场化改革的一个方面，还必须相应地建立和完善土地要素市场与资本市场；特别是土地市场必须与劳动力市场相契合，市场经济才能较健康地运行。
建立土地市场的核心是产权改革。深化产权改革必须解放思想，必须下大力气推进。确立并维护农民的土地财产权对中国社会经济长远稳定发展具有战略意义，必须扎扎实实做到底，不能留下走回头路的空间。
改革的主导部门自己首先要更新观念。政府因确立和保护农民的土地财产权，看起来压缩了自己的权力空间，其实可以针对农民的土地使用权所产生的公共性问题，行使合理的干预权，以维持资源利用的公正性及经济的可持续发展。农民权利与政府公权之间完全可以找到和谐共生的具体路径。这个道理应广泛宣传，形成关于产权改革的全社会共识；同时改革主导者也应坚决制止因维护个人或地方的一己私利而阻碍改革的行为。
这项改革越是彻底，建立城乡统一的劳动力市场这一户籍制度改革初衷才越可能完整实现。
