一是传统产业后劲不足。由于农田基础设施薄弱，有效灌溉率不足45%，人均旱涝保收农田面积不足0.3亩，“靠天吃饭”的状况难以从根本上改变，保持粮食持续增长的压力很大。由于受永顺县橘园树体老化、品种结构不合理、柑橘大果实蝇危害等因素影响，柑橘低质低效问题十分突出，全县柑橘产业面临前所未有的压力。受市场疲软、劳力不足、投入有限等因素影响，以油菜、马铃薯为主的冬季农业开发后劲不足，生产波动性大。猕猴桃近几年发展较快，销售形势看好，但主要是依赖鲜果销售，加工、贮藏率低，潜在的市场风险较大。
二是从业人员素质较低。目前该县80%以上青壮年劳力外出务工就业，从事农业生产人员明显老龄化，文化程度普遍不高，对新鲜事物的认知能力和接受能力不强，影响着农业先进实用技术在生产中推广和应用，农业科技应用率较低。加上山区农田机耕道路、灌溉沟渠等基础设施建设滞后，导致农业机械化应用水平较低，农业生产劳务成本较高，效益普遍较低。
三是社会化服务水平不高。全县从事稻谷、豆制品等加工企业众多，但普遍规模小，档次低，产业带动力不强，由于缺少农业产业化龙头企业，农产品加工程度仅有6%，远远低于全国平均水平。“松柏大米”、“万坪豆腐”等优势农产品加工企业多、规模小，产业链条不长，无序竞争现象严重。各类专业合作经济组织虽然发展较快，但多数为有名无实、规模不大、运作欠规范，没有与农民形成真正的利益共同体，对产业发展贡献有限。
四是农业投入严重不足。由于该县财政困难，对农业投入主要靠国家和省级的项目资金，总量十分有限，对农业产业、农田基础设施、服务体系等建设投入严重不足。受资金、技术、人员等条件限制，植物保护体系、农产品质量安全体系不够健全，农产品质量安全难以得到有效保障。
五是产业布局不够合理。虽然该县已初步建立了三大农业主导产业，但总体来看，特色产业规模仍然偏小，优势特色产业布局不尽合理，优势不够突出，结构雷同现象较为普遍，没有形成一村一品、一乡一业产业化开发格局，还存在很多产业空白乡镇和空白村，没有得到平衡发展。农业生产标准化程度也不高，品种多而杂，优质、名牌产品数量少，初级产品比例较大，资源优势未能转化成为产品和市场优势，还不能适应市场发展的需要。
