水产养殖：推进生态健康养殖
加强近岸海域环境保护。实施近岸海域污染防治方案。重点整治黄河口、长江口、闽江口、珠江口、辽东湾、渤海湾、胶州湾、杭州湾、北部湾等河口海湾污染。沿海地级及以上城市实施总氮排放总量控制。研究建立重点海域排污总量控制制度。规范入海排污口设置，2017年底前全面清理非法或设置不合理的入海排污口。到2020年，沿海省（区、市）入海河流基本消除劣于V类的水体。提高涉海项目准入门槛。（环境保护部、海洋局牵头，发展改革委、工业和信息化部、财政部、住房城乡建设部、交通运输部、农业部等参与）
推进生态健康养殖。在重点河湖及近岸海域划定限制养殖区。实施水产养殖池塘、近海养殖网箱标准化改造，鼓励有条件的渔业企业开展海洋离岸养殖和集约化养殖。积极推广人工配合饲料，逐步减少冰鲜杂鱼饲料使用。加强养殖投入品管理，依法规范、限制使用抗生素等化学药品，开展专项整治。到2015年，海水养殖面积控制在220万公顷左右。（农业部负责）
严格控制环境激素类化学品污染。2017年底前完成环境激素类化学品生产使用情况调查，监控评估水源地、农产品种植区及水产品集中养殖区风险，实施环境激素类化学品淘汰、限制、替代等措施。（环境保护部牵头，工业和信息化部、农业部等参与）
保护水和湿地生态系统。加强河湖水生态保护，科学划定生态保护红线。禁止侵占自然湿地等水源涵养空间，已侵占的要限期予以恢复。强化水源涵养林建设与保护，开展湿地保护与修复，加大退耕还林、还草、还湿力度。加强滨河（湖）带生态建设，在河道两侧建设植被缓冲带和隔离带。加大水生野生动植物类自然保护区和水产种质资源保护区保护力度，开展珍稀濒危水生生物和重要水产种质资源的就地和迁地保护，提高水生生物多样性。2017年底前，制定实施七大重点流域水生生物多样性保护方案。（环境保护部、林业局牵头，财政部、国土资源部、住房城乡建设部、水利部、农业部等参与）
保护海洋生态。加大红树林、珊瑚礁、海草床等滨海湿地、河口和海湾典型生态系统，以及产卵场、索饵场、越冬场、洄游通道等重要渔业水域的保护力度，实施增殖放流，建设人工鱼礁。开展海洋生态补偿及赔偿等研究，实施海洋生态修复。认真执行围填海管制计划，严格围填海管理和监督，重点海湾、海洋自然保护区的核心区及缓冲区、海洋特别保护区的重点保护区及预留区、重点河口区域、重要滨海湿地区域、重要砂质岸线及沙源保护海域、特殊保护海岛及重要渔业海域禁止实施围填海，生态脆弱敏感区、自净能力差的海域严格限制围填海。严肃查处违法围填海行为，追究相关人员责任。将自然海岸线保护纳入沿海地方政府政绩考核。到2020年，全国自然岸线保有率不低于35%（不包括海岛岸线）。（环境保护部、海洋局牵头，发展改革委、财政部、农业部、林业局等参与）
畜禽养殖：把好污染防治三道关
随着我国畜禽养殖业的迅速发展，出现了布局不合理、种养脱节等问题，畜禽粪污未得到科学处置利用，既浪费资源，又污染环境，并成为湖库富营养化等水质恶化的重要原因。《水十条》提出了“调布局、建设施、促利用”全过程控制思路，要求调整优化布局，实施养殖场清洁生产及粪污资源化利用，促进产业良性发展，减少对水环境的污染。
一是强化源头控制，调整养殖布局。长期以来，我国畜禽养殖业单纯面向市场自由发展，导致了布局不合理等问题，部分饮用水水源保护区、风景名胜区、自然保护区等敏感水体面临养殖污染风险。《水十条》从优化布局入手，将“调整养殖布局、降低污染风险”作为重点任务之一，明确了科学划定畜禽养殖禁养区、关闭或搬迁禁养区内的养殖场（小区）和养殖专业户等任务和完成时限，从源头上防范畜禽养殖污染风险。
二是建设治污设施，促进清洁养殖。畜禽养殖业疫病风险高，疫病往往给养殖者带来巨大损失。清洁养殖对防控疫病起到重要作用。我国规模化养殖程度低，养殖企业的环保意识差、经济基础不强，抵御市场波动和疫病风险的能力弱，清洁生产水平不高。《水十条》要求，现有规模化畜禽养殖场（小区）要根据污染防治需要，配套建设粪便污水贮存、处理、利用设施，新建、改建、扩建的要实施雨污分流，散养密集区要实施污水分户收集和集中处理利用。从而实现养殖场粪污清洁规范存储，既能提高养殖场清洁生产水平，又能改善水环境质量，还能促进行业健康发展。
三是加强种养结合，引导综合利用。畜禽粪污是天然的肥料资源。由于国家化肥补贴和农村生产生活方式、劳动力结构的变化，畜禽粪肥种植业应用受到限制，既浪费资源又污染环境。种养结合不足是我国畜禽养殖污染的重要原因之一。《水十条》强调粪污资源化利用，支持和鼓励采取粪肥还田、制取沼气、发电、制造有机肥等方式，促进就地就近消纳利用畜禽养殖粪污，实现农业发展方式转型与环境保护双赢的目标。
