（三）我国农村长期缺乏平等、民主、自治的市民社会环境，使有些合作社难以正常运作
合作社深深根植于农村社会文化，而且也在很大程度上反映了农村社会文化。
一是在我国乡村社会中，传统文化“留给我们的，封建专制传统比较多，民主法制传统比较少”。并且，农民的“分散性”、“自我主义”以及农村普遍存在着家族观念、宗法等级观念，使农村治理突出强调族长和士绅的作用，导致一些农民合作社在运作过程中更多地吸纳了专制和等级等因素，精英治理而非成员广泛参与被认为是合理的，基于民主控制、成员平等、互助团结的合作社很难在这样的土壤中发育。
二是市场经济的快速发展对农村传统观念带来了一定冲击，怎么才能“发财”，即物质财富的增加成为人们追求的首要目标，而将平等和民主等权利置于次要地位。因此，一些农民对于合作社的期待就变成了能否给其带来物质利益的改善等，而忽视合作社的治理结构。
三是由于合作社存在着“搭便车”问题，分散经营的小规模农户参与合作社治理获得的收益要比他们付出的成本大得多，他们参与合作社治理的积极性弱。
四是嵌入合作社中的农村社会关系会对合作社的治理机制起到弱化和替代的作用，因为人们相互熟悉，许多事情不是在一个被设计好的理想类型的制度体系内执行，而是根据当地的习俗和人们的行为习惯去做，按章办事对他们而言是成本，不按章办事是节约成本的理性选择。
（四）一些寻租型合作社为取得政府扶持而违法操作
《农民专业合作社法》规定要对农民专业合作社的发展提供项目扶持、金融支持和税收优惠等政策。从获取财政扶持的角度来看，2004-2014年间有8个中央一号文件提出要支持农民专业合作组织发展。2004年中央财政安排农民专业合作组织的专项资金7000万元，到2013年已达18.5亿元，累计达到52.7亿元。此外，一些涉农项目也重点向农民专业合作社倾斜，地方各级财政也从重点加强农民专业合作社的示范社建设入手，加大对农民专业合作社的扶持力度。
这些扶持资金对于合作社而言，就是合作社的组织租金，使用合作社的名义就有获取租金的可能性。而与有关部门或干部更熟悉的能人可以更方便地获取资格，进而通过资格来获取资源。在对财政扶持资金的使用缺乏有效监管情况下，政府相关部门也会把更多的资金投入到与自身关系密切的合作社，并采取策略应对来自上级政府的政策法令和检查监督。因此，下级政府不把关，上级政府监管不到位成为众多挂牌合作社产生的根源。
从享受税收优惠的角度来看，《增值税暂行条例》、《财政部国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》（财税〔2008〕81号）、《财政部国家税务总局关于免征蔬菜流通环节增值税有关问题的通知》（财税〔2011〕137号）等相关政策明确农民专业合作社在销售本社成员生产的农业产品，向本社社员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，以批发、零售方式销售的蔬菜都实行免收增值税政策。而登记注册为农民专业合作社的门槛又较低，从而导致大量农业企业摇身一变成为合作社。
此外，“增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额”的规定使得农业产业链条上的一些农产品流通、加工企业更希望与农民专业合作社合作，以便享受税收优惠政策。因此，在实践中就可以看到，同一个主体同时拥有企业、合作社等多本营业执照，根据需要使用不同的营业执照，将合作社视为攫取租金的工具。
如何防止合作社的“变质”
（一）完善合作社的治理结构
优化合作社理事会成员结构，增加普通成员在合作社理事会中的比例，适当限制理事长的权力，规范其行使权力的范围。进一步完善合作社利益分配机制，调动普通成员参与合作社治理的积极性。
（二）培养成员的民主与法律意识
农民合作社的规范发展取决于农民社员民主意识的发育、人文精神的觉醒及对合作社理念的执着追求。要强化合作社人才培育力度和合作社文化宣传力度，大力培养成员的民主意识与法律意识，增强成员参与合作社治理的积极性。建立并完善农村基层民主制度，为合作社营造良好的外部环境。
（三）加强合作社财政扶持资金监管力度
逐步转变财政资金使用方式，变财政补贴为无息或低息贷款，提高合作社使用财政资金的成本。加强获取财政扶持资金的合作社审计工作，提高财政扶持资金使用效率。完善农民专业合作社示范社治理结构，打造一批运作规范的合作社。
