伴随着对转基因大豆的争论，实行多年的大豆棉花收储政策出现重大调整。中央“一号文件”提出，2014年，启动东北和内蒙古大豆目标价格补贴试点。
业内人士分析说，大豆收储政策已脱离市场及农民实际。2013年大豆临时收储价为4600元/吨，美国大豆进口折算到港成本不到4200元/吨，南美大豆更是低至4000元/吨左右，价格倒挂严重。在这种情况下，国内大部分的大豆压榨企业大量依赖进口大豆，国内大豆销售不佳，豆农叫苦连天。相对收储价格的上涨，豆农种植成本上涨得更快，种植意愿下降。随着粮食价格逐年提高，深加工企业成本也居高不下。近年来，大豆收储政策引发了一些问题，黑龙江大豆种植面积不仅没有保住，且连续4年出现萎缩，压榨企业也称这一政策影响生产。
大豆临时收储改为目标价格政策，并将逐渐实行市场化机制。据悉，目标价格由有关部门根据当年的物价水平、粮食生产利润、农民收入增长等因素确定。收获后，如果市场价格高于目标价格，农民就按照市场价格出售;反之，国家将目标价格与市场价格之间的差价，直接补贴给农民。由于大豆直补只在东北、内蒙古执行，其他地区执行怎样的大豆政策也待敲定，具体细节更待细化，尤其是在直补价格和方式等方面。
业界人士担心，如果没有收储政策的依托，也没有直补政策的保障，将挫伤河南、山东等地豆农的利益及种植积极性，进而对整个行业及市场产生较大影响。业界人士建议，除了生产环节，大豆补贴政策还应从收购、加工和流通等各环节予以考虑，涵盖整个产业链。目标价格补贴机制在美国等发达国家已施行多年，可参照大豆、玉米的比价，将目标价差补贴按照播种面积、参照单产等级给予大豆种植户补贴。
