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目前海南省新农合基金各项补偿指标均优于全国平均水平，农民在缴纳参合金时也由以往的被动向如今的自愿自觉转变。
据统计，2003—2007年，全省共筹集新农合资金4.37亿元，其中地方财政投入2.44亿元，占55.8%。截至2007年9月底，全省累计已有100.39万人次获得新农合补偿，补偿金额2.23亿元。其中住院补偿19.72万人次,补偿金额1.90亿元。2007年前3个季度全省住院人均补偿额1049.95元，住院实际报销比例36.24%，均呈逐步提高之势。
据了解，海南省18个市县和洋浦经济开发区新农合均实行 “门诊家庭账户+共济基金”模式。门诊家庭账户按年人均10—12元提取，以户为单位使用，结余滚存留用，保证了参合农民家家受益。共济基金占资金总额的大部分，各地年人均40—58元不等，用于住院费用和重点慢性病门诊治疗报销。既集中资金解决农民大病医疗费用问题，又兼顾了每个农民家庭的利益。
同时，全省18个市县和洋浦经济开发区实行了统一的新农合药品目录，药品品种从原来的300—800种不等增加到了目前的1143种。
另外，该省还统一了征收机构、统一财政专户管理、统一财会制度、统一代理银行和统一公示制度，以确保新农合基金使用管理规范，加强监督，保证农民真正受益。据统计，今年1-7月，全省共抽查新农合住院病例3378人、门诊病例1732人，对发现的违规问题依照有关规定进行了处理，给予撤（免）职2人，拒付款26.6万元，罚款4623元，扣除保证金1.04万元。
