在专家认定问题出在西瓜种子上之后，种植受损的瓜农分头找到嫁接育苗场老板，要求对他们的损失进行赔偿。但部分育苗场老板却不愿为此承担责任，他们认为，该西瓜种子由福建一家种子公司提供，赔偿也应该由种子公司进行。
在有关部门的协调下，提供种苗的福建厦门金博大种苗公司表示愿意按照1000元/亩的标准赔偿受损农户。育苗场老板也同意对瓜农进行相应的赔偿，但不是现金方式，而是来年以种苗赔偿。
但种植户均认为损失过大，该赔偿过低，不愿接受，而且部分瓜农经历了此次波折后，再也没有本钱种瓜，那么就无法得到种苗场的赔偿，因此坚持要求现金赔偿。于是，协商赔偿一事被僵持下来。
据符敦新说，到目前为止，瓜农尚未拿到任何赔偿。
省委书记震怒
11月18日，部分瓜农以西瓜协会的名义，将该情况反映给了海南省农业厅等有关部门。
海南省委书记卫留成在得知这些瓜农的遭遇后异常震怒，立即做出相应批示，要求有关部门尽快进行调查，还瓜农们一个公道。
随后，海南省农业厅厅长肖杰指令该厅执法稽查处、种子办等有关处室抽调人员组成案件督导组，会同工商等部门人员兵分三路赶赴东方、文昌等市县进行调查。
11月24日下午，省农业厅执法稽查处有关人士告诉记者，目前调查尚未结束：“瓜农称他们买到的是假种苗，目前还不能断定真假的问题，因为专家的调查结果没有出来。”该人士称，根据专家意见，目前至少有一点是可以肯定的，“台湾新一号”不适合在海南种植。
