城镇化的本质和核心是人口城镇化，当前重点是促进农民工市民化。近十多年以来，中央政府和地方政府也在积极推进农民工市民化，尤其是在制度上做了许多创新。
然而，农民工市民化率提高的速率并没有制度创新的进展那么快，制度创新的实际效果并不明显。如何改变这种状况，应该引起高度关注。
在这一过程中，对农民工市民化过程中的制度冲突做出分析，并有针对性的作出政策选择，重要且迫切。
不得不面对的制度冲突
农民工市民化过程中的制度冲突问题尤其值得关注，主要表现在两个方面：
第一，户籍制度与嵌入其中的就业和社会保障等福利性制度的冲突。由于户籍制度的创新进程较快，很多地方已经打破了城乡户籍的界限，实行城乡统一的户籍制度，但由此带来了一个不容忽视的问题是：一方面，统一了城乡户籍，农民工获得了城镇户口，但另一方面，嵌入户籍制度的其他福利性制度却没有跟上，如就业歧视和城市劳动力市场分割状况依然存在，农民工社会保障与城镇职工的社会保障存在较大差异。
这导致的一种结果是，农民工虽然取得了城镇户口，但并没有取得与城镇居民相同的权利和待遇，所以他们取得的城镇市民身份也与原有市民有着很大的区别，如有的地方将其有区别的称作“准市民”或“新市民”。从而实际上又在城镇形成了新的二元结构和二元制度。
第二，社会保障制度与土地制度、就业制度之间的冲突。社会保障制度的主要社会功能和创新目标就是要为每个公民提供公平的社会保障；土地在土地改革以来就承担着农民的社会保障功能；传统的城镇就业制度不仅为城镇职工提供了就业岗位和主要的收入来源，也承担着城镇职工的社会保障。
因此，社会保障制度与土地制度、就业制度虽然是不同域的三项不同的制度，但它们的功能却发生了重叠，如果处理不当，就难免发生冲突。其主要表现是农民工社会保障制度创新的滞后性。
随着土地收入占农民和农民工家庭收入比重下降，农民和农民工家庭的无地现象和土地集中规模经营，使得土地的保障功能呈现下降趋势，这在一定程度上弱化甚至造成农民和农民工最后一道防线的虚化；同时，“铁饭碗”和“大锅饭”的打破，就业制度也失去了昔日的社会保障功能。
现实的情况是，农民工社会保障制度却很不完善，不仅社会保障项目少、社会保障水平低，而且社会保险关系难以转移、社会保障门槛过高、地区差异显着，其结果必然造成“两低一高”的问题，即参保意愿低、实际参保率低、退保率高。
这样一来，农民工在城镇就业，却既不能参加城镇社会保障，也逐渐失去土地的社会保障，农民工社会保障制度又很不完善，这就造成了社会保障制度与土地制度和就业制度的矛盾和冲突。
任何制度都不是孤立存在的，都不同程度地与制度环境或制度体系中的其他制度存在一定的制度联系和相互依赖。城乡二元制度作为一套制度体系，内部各子制度之间必然存在着有机的联系。
城乡二元制度内部的制度关联为制度冲突提供了可能，如由于制度创新目标选择、创新进程的快慢、阶段性重点的定位以及创新的地区差异都可能会扭曲或破坏制度之间的关联，造成制度冲突。
制度创新要分阶段进行
就户籍制度来说，适应农民工市民化要求的制度创新的目标是放开户籍限制，建立允许人口自由迁移的人口登记和人口管理制度。
在此制度创新目标下，随着人口的自由迁移，农民和农民工将实现自由迁移，并可能获得其他平等权，从而收益增加。中央政府将因此获得广大农民和农民工的广泛拥护和人民政府的荣誉，从而获取极大的政治利益，同时还将实现劳动力资源的优化配置带来的经济发展(包括财政收入增长)和社会进步。迁出地政府也能获取较大的经济利益和政治利益，但迁入地在短期内将只能获得政治利益，经济利益却难以获得，虽然在长期内经济利益也能够增加。而市民(尤其是迁入地的市民)主要关注他们的就业、收入以及生活质量(包括生活空间、生活设施)会不会因户籍放开而受到影响。
当然，其它制度创新对不同主体的目标函数和净收益也有着不同的影响。正是由于这些差异的存在，不同制度创新的目标选择就难免存在冲突。
城乡二元制度创新的整体方向是一元化，但实际进程却有快有慢。造成制度创新进程快慢的主要原因有两个方面：一是城乡二元制度创新的方式主要采取了诱致性和渐进式的方式；二是不同制度涉及的利益主体不同，利益主体的利益关系的复杂程度和矛盾大小不同，从而利益协调的难度和博弈结果就不同。
单纯的户籍制度创新的阻力较小，推进得也最快速。土地制度创新对政府的经济利益的负面影响巨大，又是在组织化程度最小、势力最弱的农民、农民工和组织化程度最高、实力最强的政府之间的博弈，加之农村土地所有权的模糊和承包权弱化的制度产权缺陷，农民和农民工更无法在制度创新中发挥应有的作用，结果农村土地制度创新进程十分缓慢。
然而，由于很多地方的户籍制度已经与土地制度、就业制度和社会保障制度等具有实质性福利的制度相脱离，赋予农民工城镇户口显然不能为农民工(或准市民、新市民)带来实质性的福利待遇，所以很多农民工对于是否取得城镇户口并不像制度创新者设想的那样在意。
因此，可以预测，在其他具有实质性的制度尤其是就业制度和社会保障制度没有发生重大创新之前，制度创新的冲突就会持续下去，不仅使农民工市民化的意愿难以提高，而且使农民工市民化能力也难以提高，从而农民工市民化状况就难以有所改观，制度创新的整体实效就难以提高。
在城乡二元制度体系中，户籍制度是核心，其他制度主要是嵌入户籍制度之中的。因此，这些制度对农业剩余劳动力转移的影响方式是不同的，在不同的阶段，这些制度的作用也是不同的，从而制度创新的重点是不同的。
在农业剩余劳动力转移的第一阶段，城乡户籍制度的形式化障碍的影响更大，而在农业剩余劳动力转移的第二阶段，即农民工市民化阶段，土地制度、就业制度、社会保障制度的隐性的、实质性的障碍的影响更大。
所以在第一阶段，应该以户籍制度创新和取消以户籍制度为基础的行政门槛为重点；在第二阶段，就应该以土地、就业、社会保障制度创新和消除农民工市民化的经济门槛为重点。
而在实践中，却存在均衡用力，甚至选错了制度创新重点。如第一阶段的制度创新基本上选对了重点，在户籍制度创新和消除行政门槛方面取得了重要突破，基本上为农业剩余劳动力第一阶段的转移清除了制度障碍。但是，在第二阶段，很多地方的制度创新重点仍然放在户籍制度方面，甚至将给予农民工城镇户口和农民工市民化划等号，而在其他关键制度的创新上重视不够，导致这些制度创新进展不大甚至停滞不前。
