实行标准化是加强农产品质量安全过程控制的根本举措，近年来南京市一直大力推行农业标准化生产，打造地产农产品品牌，取得了较显著成果。如地产蔬菜的标准化生产，通过制定蔬菜标准化生产技术规程，建立了蔬菜生产电子档案系统。同时强化科学防治蔬菜病虫害技术培训，示范推广防虫网、杀虫灯、粘虫板、性诱剂、生物农药等病虫害综合防治措施，指导生产者科学防治蔬菜病虫害，提高地产蔬菜质量安全水平。截至目前，全市已经组织制定农业市级地方标准228项，其中2012年制定发布24项，主导农产品标准覆盖率已达90%以上。
全市农产品“三品”认证也有较大突破。到今年7月份，全市累计无公害农产品、绿色食品、有机食品有效个数达907个；农业“三品”生产面积达315.7万亩，占全市耕地达88.1%。其中无公害农产品种植面积达230万亩，占73%。全市通过认定的国家级名牌农产品2个，省级名牌农产品29个，市级名牌农产品44个。目前，全市有南京雨花茶、固城湖螃蟹、白马黑莓、南京盐水鸭4个农产品地理标志。
开展农产品质量安全专项整治是严把生产过程控制关的关键举措。近年来，南京市各级农业执法机构以农产品质量安全突出问题和薄弱环节为重点，强化日常巡查，加强案件查处，组织开展了蔬菜水果茶叶禁限用高毒农药专项整治、“瘦肉精”专项整治、生鲜乳违禁物质专项整治、兽用抗菌药物专项整治、农资打假专项整治5类专项整治活动，依法开展对蔬菜等农作物生产记录、畜禽养殖记录的检查，并组织开展了生猪收购贩运企业备案行动、“瘦肉精”清缴行动，规模养猪场、屠宰场、生猪收购贩运环节、公路运输检查站及饲料的“瘦肉精”检测、监管工作，严厉打击非法添加和违规使用禁限用农兽药行为，有效震慑农产品质量安全各类违法违规行为。今年以来，全市共开展地产蔬菜监督抽检10次，共计检查蔬菜基地（合作社、企业）80家次，检测样品496批次。快速检测生猪样品4.7万份，使用“瘦肉精”检测卡13.4万份，没有发现“瘦肉精”阳性生猪。市畜产品监测中心实验室今年以来检测“瘦肉精”650份，均为阴性。
