夏季温度高，沼气菌异常活跃，沼气池产气量高，沼气发酵原料消耗速度快，发酵周期短。进入秋季后，沼气池中大部分有用物质已消耗残尽，产气量明显降低，要增加产气量，使沼气池安全越冬，做好沼气池秋季管理很重要。
一、防止雨水流入沼气池内 秋季雨量大，降雨次数多，当大量雨水流入沼气池内时，池内积满雨水，使贮气室变小或全部淹没，发酵料液的浓度也变低，沼气池内基本上不能正常产气、贮气，因此必须关闭池面流向池内的水道。
二、防止水果、蔬菜等植物进池 秋季是各类水果成熟期，一些农户将放坏了的水果、蔬菜投入沼气池内，容易使料液变酸，从而影响正常的产气量，严重时甚至不产气，所以严禁将易发酸的水果以及辛辣的葱、辣椒、韭菜、萝卜等物投入沼气池内。
三、适当增加料液的发酵浓度 沼气池合适的料液浓度是6%―12%，春秋季宜浓，夏季宜淡，所以进入温度相对较低的秋季，进料时就要适当增加投粪量，减少加水量，提高料液的发酵浓度，使料液的发酵浓度保持在10%左右为好。
四、适时大换料 为了来年能够正常用气，应在秋季进行大换料，换料时应注意三点：一是在大换料前20天停止进料，备足堆沤好的新原料，等料液出到一定量时（沼气池内要保留20%―30%含有沼气菌的活性料液作为接种物），把堆沤好的新原料投入。二是出料避免池内负压。出料时，应打开集水瓶处的开关通气，防止池内出现真空而造成池内粉刷层脱落，密封性变差，甚至导致沼气泄漏。三是迅速进料。出料后，应迅速对沼气池进行检修，在检修完后立即投料装水。因为沼气池都是建在地下，沼气池在装料时，其内外压力相对平衡，出料后，料液对池壁压力为零，失去平衡。此时，地下水的压力容易损坏池壁和池底，使池作废，尤其是在雨季和地下水位高的地方，出料后更应立即投料装水。
