洪涝灾后病死畜禽的无害化处理，是有效阻断动物疫病传播的一项关键措施。而病死畜禽的无害化处理是一门技术性要求非常高的工作，要求严格按照《动物防疫法》和《畜禽病死肉尸及其产品无害化处理规程》(GB16548-1996)、《病害动物和病害动物产品生物安全处理规程（GB16548-2006）》等国家规范进行操作处理。
主要病死畜禽实施无害化处理方式是：
1、焚毁。将病死畜禽尸体及病害畜禽产品投入焚化炉烧毁碳化，彻底杀灭病原微生物。这是病死畜禽实施无害化处理方式中最有效、最彻底的方式。
2、掩埋。掩埋地点需远离学校、村庄、水源地和养殖场1公里以上，将病死畜禽尸体和病害畜禽产品进行挖坑深埋，坑底铺2cm厚生石灰，顶层掩埋物距离地面1.5m，掩埋前需实施焚烧处理，并将掩埋土夯实。掩埋后对周围环境进行消毒（烧碱、石灰、消毒药等）。
3、化制方法。化制方法一般分干式、湿式无害化处理方式。湿式无害化处理方式，即将病死畜禽尸体及其产品投入加有消毒剂（可性钠等）的化尸池中，促进自然发酵、分解、灭菌，达到消灭传染源，切断传播途径，阻止病原扩散的目的。干式无害化处理方式，则采用高压锅炉高压高温消煮方式，然后进行高温干燥灭菌。
