近年来，穆棱市以农业科技为支撑，着力培育壮大了“烟、牛、菌、菜”四大主导产业，形成了一批具有比较优势的特色产业集群，构建了穆棱优势特色农业的发展框架。穆棱市先后获得“中国大豆之乡”、“全国绿色食品大豆、玉米、肉牛标准化生产基地”、“全国名晒烟基地”等称号。
穆棱种植晒烟历史悠久。2009年，被确定为国家农产品地理标志；2010年，被农业部确定为地理标志产品。目前，穆棱市是全省唯一一个有晒烟种植计划的市(县)。目前，穆棱晒烟成功打入红塔集团、红云红河集团、湖北中烟、江苏中烟、上海烟草集团。
1994年以来，穆棱把肉牛产业作为主导产业，实现了由养牛为种田向养牛为赚钱的全方位转变。2004年，引进了全国最大的肉牛加工企业；2006年，建成了黑龙江省皓月食品有限公司；2008年成功承办了第三届中国牛业发展大会和全国首届相牛大赛；2009年被列入2008-2015年国家优势肉牛区域发展规划、国家现代肉牛技术支撑体系建设示范基地。2012年末，全市牛存栏13万头，出栏6万头。
目前，穆棱市的食用菌总量达到4.8亿袋，在下城子镇建设了全省最大的山货大市场。全市蔬菜面积已发展到3.5万亩，其中棚室蔬菜147.6万平方米，下城子镇保安村千栋温室大棚一期已建成500栋，兴源镇东村规划建设的200栋温室大棚有50栋已投入使用。
年初以来，该市各乡镇以生态治理为目标，以立体开发为手段，探索了农业产业开发与农村经济发展新模式。启动建设10个生态庄园。截止目前，康泰生态庄园完成道路建设5公里，流转土地2000亩，主要种植紫花苜蓿和无芒雀麦等牧草。河西镇龙眼生态园项目已完成2500亩土地流转，播种紫花苜蓿和无芒雀麦1500亩，种植紫槐树35万棵，新建1万平方米葡萄采摘园和1500平方米的标准化羊舍。马桥河镇北国原乡民俗风情度假庄园项目位于北大岗，修建性详细规划已完成，结合打造蒙古风情园，兼顾坡耕地治理，已与农户签订土地流转协议，314亩中草药种植园区已启动，有机羊养殖园区正在洽谈中。
