同时，先正达、孟山都等外资企业也纷纷加大了投资合作力度，在科研、基地、市场等多方面进行更深度的渗透。孟山都公司于2001年与中国种业集团合资成立“中种迪卡杂交玉米种子有限公司”，培育适宜中国南方种植的热带杂交玉米品种，开始涉足中国玉米市场。在广西，孟山都的玉米种子已占到当地市场份额30%左右。2010年孟山都在广西启动“飞腾计划”，欲随后扩展到贵州和云南的玉米市场。另外，据称，孟山都正在研发可以在中国东北和华北主产区大规模推广的玉米新品种，将与已经占据优势的杜邦先锋正面交锋。2007年5月，世界排名第三的先正达种业公司通过收购河北省三北种业49%的股份，拥有了三北种业丰富的玉米种质资源和一系列优良玉米品种，并可以直接使用三北公司覆盖全国20多个省市的营销网络。
在水稻制种方面，2007年9月，世界排名第四的法国利马格兰种子公司通过旗下VHK公司与湖南隆平高科第一大股东长沙新大新集团合作，专家认为，其真实意图是通过这种方式涉足中国水稻种子市场。
在棉花种业方面，1996年，世界上最大的转基因种子公司孟山都与河北省农业厅下属的河北种子站成立第一家合资企业――河北冀岱棉种技术有限公司，两年后，又在安徽省成立第二家合资企业――安徽安岱棉种技术有限公司。1996年，孟山都将第一代转基因抗虫棉引入中国，1998年时，一度垄断了中国95%的棉花市场份额。随着中国自主研发的抗虫棉的推广，在政府大力支持下，本土棉花种业用了10年时间逐步夺回了这部分市场。目前，孟山都转基因棉所占市场份额约为10%。
目前，在大田作物种业方面，由于外资企业在中国市场刚起步，暂时并不占优势。但国内种业普遍存在杂、多、乱、小、散的现状，综合实力差，我国8000多家种子企业，没有一家市场份额达市场总量的5%，前20强的销售额加起来还不如一个孟山都。而且，种业是需要大量投入加上漫长研究时间造就的，一个良种的培养需要长达10年时间。要提高我国自主创新能力打造强大民族种业还有很长的路要走。与中国企业比，跨国公司雄厚的研发实力和不断推出的高产良种、母公司先进的管理理念和设备，其良好的上升态势是可以预期的，给国内种业带来很大威胁。
6.跨国公司开始直接投资我国农业的生产环节
日本顶级酿酒商朝日啤酒公司同伊藤忠商事公司和住友化学工业株式会社在山东莱阳租下86.7hm2土地，计划采用有机种养的方法进行温室大棚和奶牛养殖。并计划在中国克隆二三十个同样的项目。在内地经销水果为主的澳门恒河果业2003年在重庆江津建起了0.67万hm2的柑桔生产基地，变卖为种。法国威望迪环球公司是全球500强企业之一，旗下的康纳橙汁饮料在世界果汁行业首屈一指。1997年此公司开始在世界上最适合柑桔生产的三大地段之一的重庆忠县和农民合股建柑桔果园基地，项目包括1万hm2的果园基地、世界一流的技术中心等。
由于缺乏监管，各地竞相以优惠政策吸引外资建设高科技农业园区，专家估计，在政府扶持下，目前在全国已有数万个这样的园区。土地是我国稀缺资源，要防止外资大规模进入农业生产环节，大面积租种我国耕地，把我国变为其农产品海外生产基地。还应警惕，外资利用我国廉价土地和劳动力将生产出的农产品出口海外，把持我国农产品海外市场。
二、外资进入农业产业的突出特点
1.我国农业领域成为外资投资的热点，外资进入速度加快，投资规模大幅度增长。在最近5年，尤其是2005年以后，呈直线上升的趋势。据国家统计局统计，2008年上半年，外资进入农业种植业同比增长了109.6%，进入农产品加工业增长了27.3%。农业部对江苏、山东、福建、广东等省市的典型调查显示，外资进入农业领域的项目和资金数量均呈高速增长态势。
2.外资进入的环节大多是集中度高、消费市场广、利润空间大、发展潜力好的优势产业。从已经进入的108家国家级重点农业产业化企业看，有99家集中在粮油、林特产(含水果)、肉类(含鸡、牛、猪)、牛奶、水产、蔬菜产业，比重达到91.7%。
3.外资进入的领域不断拓展，遍布种植养殖、生产加工、市场流通等产业链各环节。
4.外资企业在一些行业占有较大市场份额。截至2009年年底，食用植物油的外资市场占有份额就达到了85%，果蔬加工达到30%，饲料加工23.6%，肉类加工22%。
5.并购成为外资进入的主要方式。跨国公司一般不与国内龙头企业或实力企业直接竞争，而是采取斩首战略，先并购同行企业中龙头企业或几个国内实力企业，改变市场竞争格局，再凭借其技术、资金、规模和品牌优势排挤国内同类企业，抢占市场份额，进而垄断市场。
在外资进入手段方面，特别需要注意的是以下四点：
第一，虽然外资投资产业指导目录中有外资禁入或者限制进入的行业，外方股东表面上符合规定，股份只占49%，但由于中方股份非常分散，或者外方不断增资扩股改变股权比例，外方就拥有了对企业的实际控股权。
第二，外资通过收购上市公司的母公司来控制上市公司，或者通过融资等方式间接控制中方企业。表面上，国内农业企业只有少数股权属于外资持有，但是外资实际拥有控制权。
第三，针对外资进入种业的限制，外资绕开监管曲线进入。一是通过“代理人”注册公司进行并购；二是以低成本与大专院校、科研院所共建实验室，合作开发，支持课题形式，外资出钱获取我国研究成果和种质资源，并将触角延伸至省级甚至市级研究机构；三是外资花钱买断中方成果在国际上的专利权。这样做的隐患在于，一方面会削弱我国对自主粮食安全和种业安全的控制能力；另一方面，地方政府可能出于局部利益支持或默认此类投资行为，形成对国内种业投资获取该地区优势种业资源的实质性障碍，与国家培养具有核心竞争力和国际竞争力的育繁推一体化的种子企业等具体扶持措施背道而驰。
第四，出现外资通过私募基金等公司控制农业产业的苗头。据悉，美国黑石投资集团牵头的几家国际财团去年斥资6亿美元，投资一家拟上市公司地利控股集团有限公司30%股权，该公司的核心资产是山东寿光农产品物流园。地利控股将以寿光农产品物流园等批发市场为依托上市，并构建一个遍布全国的蔬菜及农产品批发物流网络。
