食用菌的整个生长过程中符合无菌、洁净的操作要求，成长过程用防虫网，不用施农药和杀虫剂等，是一种安全的农产品。而且食用菌不与人争粮，不与粮争地，对农民来说也是一项增收的手段。
现在，食用菌又一重要特点被人们所熟知。食用菌产业与种植业、养殖业等有机结合，实现物质与能量的循环转化，对于提高农业废弃物利用的价值和效率，改善农业生态环境，降低农业生产成本等具有非常重要的意义。简而言之，农户可以利用牛粪种植双孢菇，用秸秆作配料栽培姬松茸，利用食用菌废料菌糠作为玉米等作物的废料…… 多种方式“变废为宝”，是坚持科学发展观的重要体现。
