2．3乡政府与村委会关系难以协调
自村民制度实施以来，乡政府与村民委员会之间的关系发生了巨大的变化，由原来的上下级直接管理与被管理变为乡政府对村委会的工作给予指导、支持和帮助，不再是单一的上下级管理模式。但是在实际操作中，各种违背《村委会组织法》的现象任然存在，制约了乡镇府与村委会关系的协调发展，主要表现为：一是乡政府对村委会的直接控制，乡政府通过控制村民的选举，以乡政府利益为出发点，选用或者指派人员担任村委会主任，达到对村委会的直接控制；二是对村委会的间接控制，乡镇府通过对村党支部的控制，达到对村委会的控制，作为共产党最基层的村党支部必须接受乡镇党委的领导，同时，中国共产党拥有核心领导地位，乡镇党委通过对村党支部的控制，可以达到对村民自治的间接控制。三是村委会过渡自治企图摆脱县政府的管理，部分地区部分村落的过渡自治化会使得村委会不愿意接受乡政府工作的指导，认为村民自治就是大事小事都由村民自己做主，不由乡政府插手，力图摆脱政府控制。
2．4监督制度的不完善
民主监督是村民自治的保障性环节，它以村务公开、民主理财和民主评议村干部等为主要形式，监督和约束村干部的行为和村委会的工作。而村民自治过程中民主监督存在以下问题：一是村委会成员权力过大，在实践过程中，村委会委员常以“村官”自居，拥有一定的权利，并采取某些手段不断扩大权力，导致监督者与被监督者之间的力量悬殊，监督作用不明显。二是村务信息透明程度低。部分地区村委会成员为了手中权力或者某些目的，对于自己掌握的村务信息不予公开，或者害怕某些不好问题的暴露不愿公开村务信息，导致普通村民难以了解准确信息，导致监督缺乏有效性。三是村民受教育程度低，缺乏民主意识。由于农村村民普遍受教育程度低，加之受过教育的人都外出工作，村民普遍缺乏民主监督意识。四是民主监督的配套制度尚未健全。从现状上看，民主监督渠道主要是对村委会成员进行直接的批评、建议和全民公决。而村委会成员往往又是民主监督的组织者和领导者，这样民主监督的效果过于依赖村委会成员自身的素质。
3对村民自治发展的对策建议
在社会主义新农村的建设中，只有民主与法制建设的不断完善，才能为村民自治的不断发展提供良好的条件。村民自治作为一种制度，只有所有工作程序都规范化、制度化之后，才能体现出真正的民主，如何在新农村建设的大的环境下，进一步完善村民自治制度，笔者认为应从以下几方面考虑：
3．1完善法律体系，保障村民自治的规范性
依法治国，是社会主义法治国家建设的基本方针，完善的法律体系，也是村民自治制度得以发展的保障，一方面要制定并完善《村委会委员选举办法》，不断规范选举程序。在国家层面，在充分考虑地区差异的情况下，总结借鉴全国范围内的成功经验，制定统一的村民委员的选举办法，并确保选举程序的科学性，从根本上保证村民的选举权与被选举权。对于村民委员选举的实际操作中，对各个环节必须有明确的规定，例如对于选举委员会中立性的保证，必须制定严格规范的回避制度，对于参加选举的村民委员，其本身以及与其有亲属关系的成员一律不能成为选举委员会中的一员。另一方面是通过法律，进一步明确乡村关系，制定《乡村关系发》。制定统一的乡村关系法，为乡镇与村的工作关系提出更为明确的要求，以防止乡政府的过渡干预或者村民委员会的过渡自治。
3．2规范“两委”关系，保障村民自治的有效运行
村党支部与村民委员会关系是否融洽，直接影响了村民自治制度是否能够有效地运行，正确处理两者关系，是保障村民自治工作得以发展的重要举措：一方面要加强基层的党组织建设，村党支部与村委会之间产生的冲突，更直接的是对于村民自治权力的争夺。无论过去、现在还是将来，党对国家政治生活拥有领导权，同时党代表了最广大的人民利益，村党支部应该宣传落实党的政策，支持保障村民自治制度的运行，同时村委会要坚决拥护党的领导，只有在党的领导下，村民自治制度才能进一步发展，“两委”应该避免一切不必要的权力竞争。另一方面进一步明确双发职能，避免“两委”的冲突，应进一步明确两者的职能范围，从制度的层面规范村党支部与村委员会的职责范围，使两者发挥各自不同的功能，形成合力服务村民自治制度的运行。
3．3推进乡镇体制改革，优化村民自治外部环境
村民自治是否能够有效运行，另一个关键点在于乡镇对于村民自治的干预程度，乡镇的干预也是村民自治难以进一步发展的制约性障碍。为保证村民自治制度的实施，使其拥有一个良好的实施环境，一方面乡政府应进一步加强改革，坚持贯彻“小政府，大社会”理念，将更多的工作精力集中于社会事务、公共性事务，更多地放到村村关系的协调以及对于村民自治大的方针政策方面的指导，对于村民比较注重的经济活动，交由村民自我处理，真正体现自我管理、自我服务。对于村委会委员的选举，避免直接委派或者指派，尊重村民的选举权力，乡镇府应起到监督选举作用，并对选举出的委员进行监督与考核，保障村民自治的运行。另一方面是对乡镇干部的监督约束。应加强乡镇干部的任用机制，使乡镇干部接受村民群众的监督，同时加强乡镇府的政府公开，保障村民的知情权，强化村民监督的力度。
3．4加强民主监督，保障村民自治的顺利实施
民主监督作为村民自治的重要内容，是村民自治制度能否顺利实施的基本保障，因此要进一步加强民主监督：首先，限制村委会的权力，村民自治的过程中，过大的权力容易引发过大的欲望，同时村委会权力过强则会相对削弱村民的权力，力量对比的悬殊，难以保障民主监督的有效性。因此要加强对村委会委员的约束，同时进一步明确村民的表决罢免权力。其次是提高村委会政务透明度。村委会委员对于村内情况以及上级信息了解透彻，而村民则相对信息闭塞，村民处于相对弱势地位，不利于民主监督，因此，村委会应该完善村务公开制度，全方位地接受村民的监督。第三，加强村民的民主法治意识，由于村民在受教育程度上普遍偏低，加之受教育村民的人口流动，留守村民很少有民主监督意识，应加强对于村民的法治宣传教育，鼓励引导村民运用正确的方法对村委会进行监督，避免发生不可调和的矛盾。最后拓宽民主监督的渠道。拓宽群众监督渠道，是保障村民监督有效进行的基础，各地可结合本地实际，探索出村民自治中民主监督的有效方法，如设立村级民主公开监督箱，定期召开村民代表会议，乡、镇的工作情况和打算直接向村民代表通报等。
