（二）因集体资源、债务问题易引发合并村内部矛盾。
由于各个合并村的集体资源多寡不均，各个村落的村级债务也不统一，面对这些实际利益问题，处理不当很容易引发大合并村内部民众的不满，激化村庄矛盾。面对这种情况，许多合并村采取的应对策略是“一村两制”或“一村多制”，即涉及集体资源和村级债务的问题，各原始村的干部和村民负责解决，合并村内部互不干涉。
我们调查的原X村有4万亩的林子，资产过亿，而最先并入的D村几乎没有林子，老百姓害怕D村村民来分他们的资源，坚决不同意与D并村，并组织大规模上访。最后，上级部门同意，X村不与D村并村，而与其资源禀赋略相似的B村合并，且采取“一村两制”的治村模式，互不参与村财产和债务的分配，村庄才得以合并。这样看来，涉及村集体利益的矛盾看似解决了，但是合并村内部是分裂的领导班子，无法形成一个有效力的治村主体。
（三）原有村庄内部的结构失衡、新的合并村难以真正整合。
合村并组在一定程度上打乱了村庄延续已久的组织样态，原先的村落、居民小组是村民日常生活中的重要认同单位，内部有村民世代建构起来的关系网络，有其共享的文化和价值基础，有其固定的人情往来。合村并组后，很多农民依旧保持原有的生活和交往领域，固定的乡土联系很难在短时间内重新连线，且农民对当地的大合并村并没有形成认同意识，大合并村在村民看来，只是行政上的排列组合，原来各村之间的居民都有明显的身份界限，新的合并村、合并组在短时间内无法形成内在整合。
（四）加速了村庄机械化、原子化的进程。
合村并组表面上是加强各村之间、各居民小组之间的联合，但这种联合只是形式上的机械组合，合村并组的主体是农民，不是一个个村级行政单位，行政单位的组合不能代表各村庄村民的认同，相反，这种违反许多农民意志的行政组合在一定程度上消解了农民对原村落的归属感，而对大合并村又有距离感，使农民处于双重孤落的状态。
四、对合村并组政策的反思
（一）上级政策与基层社会之间应实现有效对接。
合村并组是用简单化的逻辑处理复杂乡村问题的政策之一。上级政策的制定应从现实的、活生生的农村实际出发，考虑村级单位中的农民群体、考虑乡村农民社会生活的运作逻辑，不能只从表面形式上下功夫。上级政策与基层社会的对接很重要，政策符合实际，无疑会推动农村生产力的发展；若上级政策与乡村社会现实不相符合，则会起到破坏乡土资源的作用，甚至会引导村庄走向死胡同。
（二）政府应给村民自治真正的权利和空间。
是否合村并组，农民有根据实际情况进行选择的愿望和权利。若两村性质相差不大，地域临近，合村有利于资源整合、互助合作，有利于农村公共产品和公共服务的集中提供，那么农民会自发地形成有凝聚力的合并村组织。具体问题需要具体分析，不是所有行政村落都适合合村并组。村民自治需要真正的权利和空间，政府的权力不可能对村庄的每个角落都有良好的治理能力，因此，政府不应对村民自治进行粗暴干涉，政府发挥监督、保障、协调的仲裁者角色可能会更好地促进乡村社会的治理与发展。
五、小结
合村并组政策在一定程度上有利于村庄资源的整合，有利于合并村公共事业的建设，有利于提高村干部的工作效率，但该政策带来诸多好处的同时也伴随着诸多恶果，比如增加村民和村干部的办事程序、引发村庄矛盾、难以形成结构整合、加速村庄分化等。简言之，农村社会错综复杂，国家应允许乡村组织根据实际情况选择相应的治理模式，不能概化论之，简单处理。
