由于三张安全证书发放于2009年，参照2007年修订的《办法》，在品种审定的申请和受理阶段，申请品种审定应当向品种审定委员会办公室提交申请书。与其他唯一不同的是，转基因品种还应当多提交一项安全证书。
品种审定委员会办公室受理后，随后便是进入品种试验阶段。这一阶段包括区域试验和生产试验。具体试验办法由品种审定委员会制定并发布，但记者未查询到具体办法。
2007年和2014年两个版本的《办法》，都没有明确规定关于转基因主粮通过品种审定的具体路径和参照标准。
李岚称，转植酸酶基因玉米并非最终生产应用的品种。在获得安全证书之后，首要工作就是要推进杂交品种选育。“如果新品种获得安全证书，可以参照 品种认定程序执行，但是相关部门并未将常规作物的品种申(认)定的做法和转基因作物品种的审定接轨，而且衍生品种申请并没有获得安全证书，因此没有机会进 入品种审定程序。”
华中农业大学教授张启发也认为，转基因水稻产业化最大的阻力在于政府无决策。他在2013年曾对媒体说，2009年曾有两个品种的转基因水稻获得农业部安全证书，因外界反对声音，农业部并没有为其建立一套程序，一套如何评审转基因水稻商业化推进的办法。
事实上，转基因主粮是不能参加区域试验的。相关法律及文件明确，“要对参加区域试验的水稻、玉米、油菜、大豆等品种进行转基因成分检测，一经发现，立即终止试验并按照《办法》等规定严肃处理。”
张颛称，目前安全证书到期的转基因水稻、玉米无法通过品种审定，因为通过首先需要在增产、抗逆性等方面达到相关标准。
张启发也曾抱怨过这种品种审定制度。“中国品种审定过分强调增产，不增产就不给发证书。”
转基因棉花“突击”商业化
舆论争议转基因主粮商业化之时，官方宣布，中国此前已经批准并实现商业化的转基因品种只有棉花、番木瓜。因为毕竟不是主粮，棉花、番木瓜转基因产品的争议相对较小。
当然，对于棉花来讲，批准商业化有其时代背景。1990年代，中国大部分棉产区遭遇棉铃虫灾害，遭受严重损失。从1991年起，转基因抗虫棉研究正式启动。1997年，在政府的支持下，我国正式批准转基因抗虫棉商业化生产。
可是，涉及转基因生物安全的《条例》于2001年5月才正式公布并施行。
张颛称，作为特例，转基因棉花的商业化路径对水稻、玉米来讲并没有参考价值。
作为坚定的挺“转”人士，李岚称，尽管我国多地农村还有食用棉子油的习惯，但是在大多数人的意识里，棉花是非食用作物，主要使用其纤维。
除此以外，舆论环境也日益复杂。李岚说，当然，争论转基因是否安全，这种讨论本身无害，但是反“转”人士造谣生事所导致的负面影响却难以消除，从而也影响到决策部门和决策者。
记者多次致电转基因番木瓜团队负责人，试图联系对方，但是对方均因担心当前舆论场观点多元予以拒绝。
未来转基因玉米成科研方向
今年6月，农业部发布《转基因重大专项2015年度课题申报指南》(下称《指南》)，《指南》有两个方向，即抗虫转基因玉米产业化研究、转基因产品风险交流及评估技术研究。申报还要求“申报内容必须在指南范围之内，超出范围的不予受理”。
换句话说，农业部发布的这个《指南》无疑也意味着转基因玉米将是未来科研的主要方向。
根据《指南》，抗虫转基因玉米产业化研究的经费安排是，“每个课题中央财政经费不超过5000万元，申报单位需按1∶3提供配套资金。”也就意味着，一旦项目申请成功，每个课题将最多获得2亿的科研经费。
机构研究人士对《第一财经日报》表示，伴随城镇居民对肉食的消费不断增加，主要用于饲料的玉米需求也随之大增。农业部想要用转基因的技术来增加产量，还要达到保护环境的目的。
除此以外，考虑到水稻主要用于食用，因此转基因水稻推进遭遇较大阻力。但是从主要作为饲料作物的玉米着手的话，遭受的非议就会少一些。上述机构研究人员称，因此农业部转基因研究的重点开始转向玉米。
