近年来，鄂托克旗加强农牧民专业合作社发展，大力宣传有关法律法规，加大扶持，使专业合作社建设稳步发展。
目前全旗已注册成立的各类农牧民专业合作社近200家，专业合作社的入社户1055户，注册资金达3.16亿元，带动非成员农牧户6125余户，会员人均增收1000-1200元。各类专业合作社主要以种养殖业合作社为主，还有其它水产、农机服务、生态建设、畜产品销售等合作社。鄂托克旗巴音乌素畜牧产业牧民专业合作社2011年被评为国家级示范合作社，家家有螺旋藻农民专业合作社、涛斯特养殖专业合作社、蒙根呼呼尔畜产品专业合作社等3家合作社2010年评为市级示范社、2012年被评为自治区示范社，绿苑农牧业专业合作社、艾各土草原畜产品专业合作社、好利宝种养殖农牧民专业合作社等3家合作社2014年被评为自治区级示范合作社。
最近几年鄂托克旗加大扶持专业合作社力度，2009至2014年五年当中扶持鄂托克旗朝乐蒙种养殖专业合作社等8家合作社，扶持资金达392万元。
