一是改造内容增加，在以河流为单元进行生态修复和开展梯级联合调度前提下，对电站实施增效扩容改造。
二是实施范围扩大，从1995年以前投产电站扩大到包括2000年以前投产、可实施增效扩容改造电站的河流。
三是中央、市级财政支持标准明确。中央和市级财政分别按照电站改造后装机容量1300元/千瓦、390元/千瓦的标准进行奖励（补助）。
四是财政部联合水利部组织专家对市级实施方案进行复核，不再批复市级实施方案，区县负责组织河流实施方案编制。
五是绩效评价引入第三方，由市级财政、水利部门委托具备能力的第三方机构开展并编制河流绩效评价报告。
