（1）种子自身问题 混杂在大量好种子中的少量陈种子和遭受灾害的新种子，都已生活力严重减弱，发芽率和发芽势大大降低，有的甚至已经死亡，不能发芽。在正常的栽培管理条件下，大量好种子发芽出苗正常生长，而自身有问题的种子则不能正常发芽出苗，造成烂种、烂芽。当年新种子遭受灾害的原因，多为在采收、脱粒、贮藏环节中，遇阴雨天，种子受雨淋后发热闷坏种子。尤其是未晒干的种子在堆放过程中，缺少按时摊晾散热，甚至为防雨淋而严盖塑料薄膜过宿，很容易把种子堆内部的种子捂坏闷死。
（2）温度过高，浇水量过多 种子发芽过程中，进行强烈的呼吸作用，需要吸收较多的氧气。如果芽苗疏菜栽培过程中，浇水过多，特别是高温下浇水过多，种子因缺氧必然导致烂种烂芽。
（3）种子感染病菌 基质、苗盘、种子本身带病菌，都可染病引发烂种烂芽，甚至幼苗死亡。
