小丑鱼的鱼卵一般在黑暗中孵化。要是鱼缸不够黑暗，幼鱼可能会胎死腹中。在关灯后的两个小时之内，鱼卵孵化，不过绝大部分在关灯后半小时之内就孵化了。
1、幼鱼的捕捉
刚刚孵化的育苗非常脆弱，甚至流水都可令它们受伤。所以在捕捉和释放幼鱼时，尽量避免引起涡流。首先，用一个小小的手电筒来吸引它们。这些小鱼苗只有二三个毫米长，看上去就像蠕动的小虫。一旦它们聚集到手电筒下，就用一个塑料勺，慢慢地把它们装起来。千万不要激起太大的涡流。绝大部分捕捉起来很容易，每次可捉到20～50个，但也有一些天生就会逃避，不小心就让它们溜掉了。但越是这样的鱼苗，越是不放过，大概它们是最聪明的、最有前途的鱼苗了。
2、幼鱼的转移
在把幼鱼放进培育缸时，要小心地把幼鱼浸入水中，然后慢慢地把容器旋转出来。千万不要把幼鱼倒进缸中，那样会伤害它们。在转移时，不开灯，黑暗有利于它们适应新的环境。在第二天早上以前，不必开灯，也不要给它们喂食。
如果转移时，带走的水太多，可以用海绵和一根水管把水转移回孵化缸中。抽水时不要太快，不然一些幼鱼会因水位下降太快被搁置在缸壁上。
当所有的幼鱼都被转移以后，首先把滴水过滤器接回孵化缸，然后用早已准备好的替换水补充10～20加仑。在加水时，检查缸中还有没有幼鱼。最后，重新启动罐式过滤器。要是有幼鱼逃脱了人这一关，也逃不过罐式过滤器这一关。
