自2010年全市启动新农合门诊报销以来，敦煌市卫生局采取多项措施，确保了新农合门诊报销工作的顺利推进。
一是将新农合报销网络延伸到了村卫生室。在2010年部分村卫生室实现了参合农民门诊医疗费用网络直报的基础上，2011年，市卫生局筹资17万元，为全市64个村卫生室统一购置了电脑，并对工作人员进行了培训，使村卫生室全部实现了门诊费用网络直报。二是实现了参合农民门诊费用现场刷卡报销。2011年起，敦煌市正式停止了各医疗机构手工录入报销的权限，实现了参合农民持卡就医、刷卡报销，杜绝了费用报销工作中出现的人员信息不准确、费用报销不合理等问题。三是切实加强了门诊费用报销程序的管理。在加强新农合财务管理、完善报销流程的同时，市卫生局采取定期检查、定期公示、随机抽查、电话随访等方法，加强了监督检查工作力度，确保报销规范、透明。各定点医疗机构全部达到了“看病有处方、收费有发票、报销有登记、领款有签字、见卡才报销”的要求。
自新农合开展门诊报销以来，共计报销69924人次，报销金额达200.6217万元，报销率为50.93%。
