自2005年以来,阿瓦提县正式启动实施新型农牧区合作医疗试点工作。在多年的实施过程中,该县加大了新型农牧区合作医疗定点机构的监管,实行了合作医疗补偿情况公示公开制度,加强了对基金的使用管理;严格按照审核补偿程序和规定做好合作医疗患者医药费的审核补偿工作,极大地减轻了农牧民的疾病经济负担。
从2010年起,该县新农合个人缴费调整为每人每年30元之后,乡级定点医疗机构住院补偿比例调整为了85%,县级定点医疗机构住院补偿比例调整为70%。
截止2011年10月底,阿瓦提县共发放新农合补偿金3102.68万元,已有7万余人次获得新农合补偿。



