为提高补助水平，减轻农民的医疗负担，中央和各级财政对参合农民的补助资金逐年提高，从2003年每人每年补助20元，到2012年人均补助240元。农民筹资也相应提高，从人均10元提高到2012年的人均50元。
蒙自市作为云南省第一批红河州第一家新农合试点县，为让广大参合农民最大限度地得到实惠，随着各级财政补助资金的增加，蒙自市多次调整新农合补助方案。
一是提高住院补助比例。从2003年不分级别医疗机构住院补助比例35%提高到2012年的乡级住院补助90%，第一批市级定点医疗机构住院补助80%，新增市级定点医疗机构补助比例为60%，州省级经转院补助比例为55%。从2004年起农村户口领取独生子女证的，以及持有“残疾人证”的残疾人，住院补助再提高5%。
二是提高封顶线。住院补助封顶线从每人每年9000元提高到每人每年90000元；门诊封顶线从200元提高到300元；特定慢性病人门诊封顶线为1000元。
三是提高住院分娩补助。住院分娩从定额补助一类地区100元二类地区150元三类地区200元，到与“农村孕产妇住院分娩补助项目”相结合，在限价范围内全额免费。
四是降低起付线。市级医疗机构起付线从2003年一类地区400元二类地区200元三类地区100元降为一类地区300元二类地区150元三类地区50元。乡级医疗机构起付线分别为100元50元20元。州级起付线从一类地区600元二类地区400元三类地区200元调整为不分地区类别400元。
五是提高门诊补助比例。门诊从只能使用家庭账户资金调整为使用完家庭账户资金后由统筹资金再给予40－45%的补助。由民政资助参合的特殊人群门诊补助从40%提高到50%。
六是资助特定人群参合。从2010年起农村独生子女父母只生育两个女孩且采取了绝育措施的农村夫妇及年龄不满18周岁的独生子女，参加新农合的费用由省州市财政按比例全额资助；纳入农村低保的残疾人或持有“残疾人证”的一二级重度残疾人，参加新农合的费用由州市级财政按比例全额资助；持有“残疾人证”的三四级中轻度残疾人，参加新农合的费用，由个人支付50%，州市财政各项支付25%；在职村干部本人参加新农合的费用由市财政支付。
8年来，蒙自市共有791452人次参合农民生病治疗得到补助，共补助14392.46万元。其中住院补助166432人次，补助资金12942.67万元；门诊使用家庭账户452334人次，补助资金1277.8万元；家庭账户资金使用完后，有172686人次得到门诊统筹资金补助171.98万元。随着参合农民受益人数的不断增加，新农合惠民政策深入人心，农民参加新农合的积极性和主动性不断提高，参合率从2003年的81.5%提高到2011年的96.04%。
