自2004年起，国家先后实施了农作物良种补贴、种粮农民直接补贴和农资综合补贴（农业三项补贴）等粮食补贴政策，随着我国农业农村发展形势的深刻变化、原有的种粮补贴政策凸显出一些问题和不足，有待进一步调整完善。
部分地区补贴不到位
近年来，农村土地流转工作取得了实质性进展，不少土地向种粮大户集中，种粮大户成为了实际的种粮者，按照国家政策“谁种粮谁得补贴”原则，种粮补贴应归种粮大户。
在全国政协副秘书长、民革中央副主席刘家强看来，目前许多地方是谁拥有耕地承包权、谁就享受种粮补贴资金，实际流转了土地的承包人并没有得到粮食补贴。
刘家强在接受记者采访时表示，相对应的是，把土地流转出去的农民没有种植粮食却仍然领取补贴。另外还有少数已用于畜牧水产养殖的耕地、成片良田转为设施农业用地、非农业征（占）用耕地等已改变用途的，以及一些撂荒地依然领取粮食补贴。因而，通过土地流转种植粮食作物的农户没有按规定享受到国家粮食补贴。
由此可以看出，调整完善农业补贴，是加快农业发展方式转变的迫切需要。
农业部南京农业机械化研究所副研究员、江苏省小麦产业链省级分析师张宗毅博士在接受记者采访时表示，农业“三补贴”刚开始实施时，鉴于种植面积难以核查、基层主管部门裁量权过大容易滋生腐败等问题，最后逐渐不再核查农户是否种植良种、是否种植粮食，而直接跟农户耕地面积挂钩。
记者在采访中也了解到，目前，在全国一些省份，农业三补贴发放对象是具有土地承包权的农户，而非实际经营者。在全国耕地流转面积占家庭承包经营耕地面积30%以上的今天，土地承包权与土地经营权分离现象日趋普遍，农业三补贴基本沦为具有土地承包权的农户按承包面积发放的收入补贴，对促进粮食生产作用越来越小。
张宗毅表示，在局部地区农业三补贴反而对农户粮食生产积极性有一定的抑制，至少种粮大户情绪受到了负面刺激。流转数百上千亩土地进行农业生产的大户或合作社，由于粮食生产机械化水平高而非粮作物机械化水平低，所以一般流转面积越大，种植粮食作物的概率越高，鉴于种粮的低收益和规模化带来的高风险，他们对农业三补贴的需求就更为迫切，也因此在调研中经常听到种粮大户抱怨“国家说是重视粮食生产，为啥补贴都给了不种地的农民，种粮食的反而没有。”
刘家强指出，粮食补贴效果不明显，不能充分调动种粮积极性，补贴面积核实难，补贴面积与实际面积不符。
值得一提的是，种粮补贴是国家对种粮农民给予的一种经济补偿手段，它能减少农民种粮成本支出，但是所占比例很小。
刘家强表示，和经济作物相比，种粮成本高、收益低，农民种粮收益即使加上国家粮食补贴，也远远不及种植经济作物的效益。从根本上讲，种粮补贴对农民种粮积极性的提高还不能起到决定性作用。
在采访中记者了解，国家粮食补贴政策是“谁种粮谁得补助”，是按照实际种植粮食的土地面积为依据。但是由于农民田地分散，地块小、多且分散，每年种植情况都是动态的，如果每年都要核实种植面积，工作量特别大、很难落实到位，不少地方实际操作没有以种植面积为依据进行“粮补”，而是以承包地面积为基础进行“地补”。这就导致补贴面积与实际面积不符。
刘家强对记者说，一是农村税费改革前，有些地方没有将低产田块纳入缴税面积，目的就是少缴税，而现在这些种植粮食的土地却没有享受应有的粮食补贴。二是粮食补贴面积以原农业税计税面积及农户二轮承包面积为依据，补贴面积小于实际种植面积。
其实，上述一些问题，国家已在进行探索和改革。目前中央已经启动调整农业三项补贴改革试点工作，明确提出支持粮食适度规模经营，对粮食补贴有根本性的方向调整。
去年5月，农业部和财政部联合出台了《关于调整完善农业三项补贴政策的指导意见》，提出“在全国范围内调整20%的农资综合补贴资金用于支持粮食适度规模经营”、“农业‘三项补贴’新增资金”重点向新型经营主体倾斜和将农业“三项补贴”合并为“农业支持保护补贴”在部分地区开展试点等，以支持耕地地力保护和粮食适度规模经营。
