“十二五”期间，石门县紧扣茶叶、柑橘两大特色农业支柱产业抓标准化建设，现已成功创建“国家级出口食品农产品（茶叶、柑橘）质量安全示范区”、 全国十大生态示范县。茶叶方面，全县有9家茶企分别获得多项有机认证，认证基地面积1.3万亩，出口备案登记基地茶园9个，成为名符其实的全国有机茶大县、国家绿色食品（茶叶）原料基地县、出口茶叶质量安全示范区等。柑橘方面，继续建设“全国农业（柑橘）标准化示范区”和 12万亩柑橘形成的“全国绿色食品原料标准化生产基地”，并创建了两个国家级柑橘标准园。“十二五”期间，石门县主要实施了超级稻杂交稻“种三产四”丰产工程、“三分地养活一个人”粮食丰产工程（简称“三一工程”）等一系列农业科技试验示范，并获得省农业丰收计划奖三等奖一项，市科技进步奖三等奖一项。2014年在夹山镇创建的三个“种三产四”丰产工程核心示范点平均单产716.0公斤，比大面积超级稻平均单产增加97.8公斤，增产15.8%。在“三一工程”项目上，建立的集中连片示范基地亩产比目标产量增加14.5%，被国家杂交水稻工程技术研究中心评为“三一” 粮食高产工程攻关项目“先进示范基地”。
“十二五”期间，石门县围绕农产品质量安全全程监管，建立健全了县、乡、村农产品质量安全监管体系，到2014年底，全县除县级农产品检测室外，每个乡镇都建成了一个农产品检测室，并以乡镇农技站为核心建立了19个乡镇监管站，每站明确了1名监管负责人、1名检测员，全县明确了农产品质量安全村级协管员330名。在此基础上，大力推进“三品一标”认证，全县共有种植业“三品”认证企业12家，证书19个，产品41个，生产基地28.6773万亩，“三品”种植面积占全县耕地面积的39.7%。“十二五”期间，石门县在全市率先建立健全了农资产品入市审查制度、农药管理及市场监督检查制度。2014年农业部发布“全国农业综合执法示范窗口”共10个，石门县农业行政执法大队成为全省唯一获此殊荣的机构。
