跨国公司进来可以提高我国种子产业的竞争意识，尽快与国际接轨，但对我们的挑战也是严峻的。
以山东寿光为例，寿光及周边地区蔬菜种植面积84万亩，年产蔬菜40亿公斤，被誉为“中国第一菜园”。寿光蔬菜种业经历3个阶段：上世纪90年代以前，菜农自留种子；上世纪90年代初期，选购国内科研单位种子；上世纪90年代后期，由于国内种子企业、科研院所生产不出高档种子，他们只能被迫接受国外优质高价的“洋品种”。
而“洋品种”依仗其在品质、产量、抗病性等方面的优势，开价之高，难以想象。在寿光，菜农们不得不接受 “一克种子一克金”的现实。比如以色列海泽拉公司推出的番茄种子“189”等、瑞克斯旺公司推出的茄子种子“布利塔”等、先正达公司推出的甜椒种子“方舟”等，每克都在100元上下，折算下来，一粒种子价值3毛多钱，而甜椒品种“蔓迪”更是开出了每克种子180元的天价，1克种子相当于1克铂金。国外公司每年仅在寿光及其周边地区通过销售其高档蔬菜种子就拿走6亿元人民币。
种子是一种特殊商品，事关农业生产和粮食安全。目前生物技术的开发和应用正成为种子产业竞争的焦点。孟山都、先正达等跨国种子公司在这些领域占绝对优势。生物技术是一把“双刃剑”，既可以给我们带来高产优质的农产品，也增大了技术所有者对农业生产的控制权。如果我们在这些方面缺少前瞻性意识，极有可能在农业发展上受制于人。
孟山都公司研究成功一项“终极基因”技术，以此来保护其品种权益。种子生产周期长，如果我国种业市场由“洋品种”占据主导地位，将会给我国粮食安全带来很大隐患。
更为严重的是，我国很多种质资源被国外偷取和克隆以后，又反过来成为跨国公司制约我国技术发展的专利手段。跨国公司投入经费搜集发展中国家的种质资源，分离克隆有用的基因并申请专利。
比如，我们的野生大豆种质资源被美国人获取后，他们通过分子标记等手段申请了160多项专利。这样，中国农民种植中国大豆却侵犯了美国的专利，还要向他们交费。
在转基因水稻方面，绿色和平组织和第三世界网络曾联合公布《国外专利陷阱中的“中国”转基因水稻》报告。这一报告称，目前中国最有可能商业化的3种转基因水稻，其多项专利属于外国公司，这可能导致中国对它的主粮失去控制。随着跨国公司在我国实行本土化战略，保护好我国宝贵的农业种质资源应提到战略高度。
与世界主要国家相比，我国种业的市场集中度明显不足，整体实力十分薄弱。世界前10强的种业企业在世界种子贸易额中所占份额达35%，而我国前10强种业企业同期只占全球种子市场销售额的0.8%。
国际种业市场垄断势头加剧，一系列收购、兼并活动推动种业整合重组。今后国际种子产业很可能被若干家大型跨国公司所主宰。世界种业巨头在生物技术、新品种研发等领域投入越来越大，一般都在其种子销售额的10%以上。
