绿色发展的目标是要提高绿色经济效益，实现产业、社会和生态环境绿色发展及和谐发展。绿色发展要落实到绿色产业，绿色产业应该包括中国最大的产业 ——农业或者绿色农业，而不仅仅是绿色工业、绿色能源、绿色材料和绿色制造产业等等。如果没有中国最大绿色产业——绿色农业的实现，中国绿色发展无疑将成为一句空话。
绿色农业的主要任务是生产绿色食品，同时实现生态环境绿色发展和绿色经济和谐发展及可持续发展，是个复杂的宏大系统工程，需要工农业和食品业及流通业各个系统上下游全面参与和统筹管理，要按照绿色能源→绿色工业→绿色材料→绿色制造→绿色化肥→绿色农药→绿色除草剂→绿色空气→绿色水资源→绿色土地 →绿色农业→绿色食品生产→绿色食品加工→绿色食品储运→绿色生活的产业链来全面系统地设计、监管食品安全的生产。
绿色农业应该是建设资源节约型和环境友好型的主导产业之一，在农业生态系统中，通过微生物、动植物的食物链和生态链，实现了自然资源的高效利用和环境友好，是保障食品安全和治理环境污染，实现社会、经济和生态绿色发展的核心和技术支撑。
环境污染是我国饮水安全、食品安全和生态环境改善的最关键问题。污染发生和治理也是个系统工程，工农业面源污染→水资源污染→环境污染→粮食污染→食品污染→健康危机，需要各个部门的齐心协力，共同管理和监督，绿色农业发展是我国环境污染治理和生态环境修复及保育的关键。
第一次全国污染源普查结果显示，工业等其他污染问题仍然严重，农业污染问题也日显突出。农业源污染物排放对水环境的影响较大，其化学需氧量排放量占排放总量的43.7%，农业源也是总氮、总磷排放的主要来源，分别占排放总量的57.2%和67.4%。
农业氮磷污染严重，说明高效养分利用育种和栽培研究很重要。提高肥料利用率，发展生物肥料、缓释高效肥料，发展低碳农业或绿色农业，实现节水、节肥、节药、节能和节地，是其中最大的一个问题。
来自广东省27个监测哨点的农药监测结果显示：蔬菜，尤其是豆类蔬菜和叶类菜以及茶叶是农药残留的高危食品，属于中等毒性或者低毒性；馒头和油条等油炸食品铝超标现象严重，是制作中滥用明矾造成的，长期摄入可导致儿童发育迟缓，老年人痴呆；酒类、调味品也发现了合成色素；熟肉制品中硝酸盐超标等。
