我国土壤污染状况已经影响到耕地质量、食品安全甚至人的身体健康。20世纪80年代末期，我国污染面积只有几百万公顷，而现在已经超过1000万公顷。土壤污染类型多样化，其中严重的是重金属污染，根据中国科学院生态环境研究中心研究，目前我国受镉、砷、铬、铅等重金属污染的耕地面积近2000万公顷，约占耕地总面积的1/5，全国每年因重金属污染而减产粮食1000多万吨。此外，农药、抗生素、病原菌等也成为土地污染的来源。
近年来，在粮食数量安全基本得到满足后，人们对食品营养价值的重视日益提高，为迎合人们对食品营养要求高和外观漂亮的需要，许多不法分子和企业在食品中大量添加其他化学成分，改变食品营养和商品外观，出现了许多食品安全重大事件，在国内外都产生了不良影响。
另一方面，我国绿色农业发展慢，地区发展极不平衡，绿色生产技术体系不健全，绿色食品生产标准落后和不完善，与国际有机（绿色）食品标准要求不接轨，也造成我国农产品质量下降，农产品连续出口受阻。
大量事实说明一个严峻现实：发展绿色农业，生产绿色食品，是我国农业在粮食数量安全基本得到满足之后的首要任务。因此，建议国家在“十二五”期间要重点发展绿色农业，加快中国绿色农业和绿色食品生产技术标准体系建设。
目前绿色理念不断深入人心，绿色农业快速发展，绿色食品受到重视，食品安全意识增强。但目前各家各户的小农生产模式和粗放经营管理还难以生产出大量的绿色食品。因此，在绿色农业发展中，要通过中央投资农村公共设施，投资农机和水利，进行农业生产资料补贴，促进土地流转，进行规模化绿色农业科学化和标准化生产。
目前，许多地区的农村青壮年大部分到城市打工，部分农田荒芜或者投资不足，种植减少。例如南方许多地区从三季稻变成了两季稻，甚至一季种植，农业高产潜力并未发挥。因此，必须实现农业机械化，发展由主人照看，掏钱雇用各种农业专业队如植保专业队、节水灌溉专业队、采摘运输专业队、市场经营专业队等参加管理的“照看（管）农业”、“产业合作社”等。开放土地政策，扩大农业改革渠道，加快土地流转，在南方发展小型农业合作社，在黄淮海发展中型农业合作社，在东北和西部发展大型农场，建立各种农业专业活动队，进行标准化生产、标准化管理，走绿色农业产业化规模经营之路，生产大量的绿色安全食品。其中最关键的，是要通过职业培训教育等，让专业队员掌握各种绿色农业和绿色食品生产标准技术，同时具有监管和执行食品安全法的能力。
