众所周知，农药残留是在农药生产、流通、使用等环节中造成的，所谓“魔高一尺道高一丈”，自然就有控制的办法。
一是加强“源头”控制，即农药产品质量和标签标注的控制。由于农药产品问题导致农产品农药残留问题主要有三种情况：首先是农药产品标签上对农药有效成分的标注不准确或不醒目，导致农民使用不当；其次是农药产品中添加有未在标签上注明的“隐性成分”，“挂羊头卖狗肉”产品导致使用后造成农药残留；再次是农药产品质量低下造成防治效果差，导致农民重复用药和增加用药量。要解决这些问题，首先是相关部门加强对农药生产和流通环节的严格监管；其次是农药生产企业要从严把关，从产品质量、标签标注等方面规范行为；再次是农药经销商要经销“三证齐全”、质量可靠的产品，杜绝“假冒伪劣”农药产品流到农民手中。
二是加强“产中”、“用前”控制。如农药生产企业污水的不达标排放，农药生产企业和经销企业的仓储场所、农药运输工具清洗、农药运输过程发生事故等造成农药对农业生产环境的严重污染。因此，必须加强农药生产和流通环节的严格管理，防治发生农药污染事故；一旦发生污染事故，应当及时做适当的处理，控制污染扩大；农业生产中避免使用受到农药污染的水源。
三是加强农业生产中农药使用的指导和管理。农业生产中农药的科学、合理使用是控制农产品农药残留的最重要、最关键的途径，农业生产者必须掌握和运用农药合理使用的基本原则，特别是要严格按照农药合理使用规范，做到“选择合适的农药品种，采用恰当的用药方式，选择适当的用药时期，掌握适当的用药量，严格控制用药次数，严格执行安全间隔期，实行交替轮换用药”，同时要注意“预防农作物产生药害，预防产生抗药性，预防人畜中毒”。
四是加强农产品“采前”、“收前”农药残留管理。农产品“采前”、“收前”农药残留管理是一个控制农产品农药残留“必不可少”的重要环节，在这一环节必须进行严格监测。如发现农药残留超标，可通过推迟采收等有效措施使农产品农药残留消解。
五是加强农产品流通环节的农药残留监管。农产品流通环节的农药残留监管是农产品达到消费者购买之前的“最后一道关口”，必须严格监管。开展全面、系统的农药残留监测工作，不仅能够及时掌握农产品中农药残留的状况和规律，查找农药残留形成的原因，还可以为政府部门提供及时有效的数据，为政府职能部门制定相应的规章制度和法律法规提供依据。
六是加强《农药管理条例》、《农药合理使用准则》、《农药安全使用标准》、《农产品安全质量无公害蔬菜安全要求》、《绿色食品农药使用准则》等有关法律法规的贯彻执行，加强对违法违规行为的处罚，是防止农药残留超标的有力保障。
