自2007年国务院批准执行能繁母猪补贴政策以来，除了2010年中断外，到2012年已实行5年，但现实中各地具体发放情况参差不齐。该项政策涉及的补贴发放情况如何?记者采取随机抽样的方式，选取华南五省有代表性的13个生猪养殖大县(如表)的养殖户进行电话访问调查，每个生猪调出大县选取的养殖户均未低于5户，每个生猪调出大县的获得的有效调查结果均超过3个。
调查结果显示，截至2013年2月28日，五年间十三区域的已发放的概率约51.6%，其中足额发放的占37.5%;确定未发放的占23.4%，部分发放(即“不明”项：部分收到补贴，部分未收到)的占25%.根据具体年份分析，2008年度的能繁母猪补贴发放率最高，达92.3%，其中足额发放的占61.5%;接下来是2011年度和2007年度，发放率分别为69.2%和61.5%.样本中，2012年度的能繁母猪补贴已发放的仅有广东四会和福建平和，其他地区大部分反映已有畜牧部门工作人员清点能繁母猪数，有关部门将于2013年3-4月份发放补贴款，但也有江西高安地区养殖户表示不清楚2012年有该项补贴。
在此次调查中，记者发现，补贴款具体发放情况不同的原因很多，其中，未发放的部分原因是养殖户没有主动申报，比如在2009、2011年间清远有不少规模较小的养殖户因不清楚政策或“不相信上面会拨款下来”而未申报。大多数未发放的原因是由于“地方财政没钱”，比如韶关浈江区一大型猪场负责人透露：补贴出台的前两年补贴足额下发到猪场，但是后面的三次因为该地区的母猪养殖量提高快，跟省里核定的数据出入大，造成补贴停滞，2012年度的猪场能繁母猪数据已经清点上报，但不知何时能够下发补贴款。
造成发放额度不同的原因，多因为中央、省级财政已下拨，但地方政府却无力或无心筹钱，于是只下发财政拨款部分。高安神农畜牧养猪专业合作社理事长魏翀就反映，高安是江西省最大的生猪产区新牧网，存栏的能繁母猪超过16万，按地方政府负担20%计算，也要支出300多万，对当地而言是巨大的负担，因此当地养殖户在2011年领补贴的标准是每头80元，地方政府负担的20%无力发放。
接受调查的养户中，有25%的概率为部分发放，具体表现为：少数猪场(多为中大型猪场)称收到补贴，而多数猪场否定，或者干脆在同一个地区发放标准不同。湖南湘潭湘乡的朱老板就有怨言：“有些地方是70元/头，有些地方是80元/头，有些地方是100元/头，地方解释是财政困难，地方财政有结余的才会发放一些。部分猪场老板和政府关系好一点的，拿到的补贴数额会多一点，我养了6000多头母猪，每年拿到的补贴标准比其他猪场少，这很不公平，很打击养猪人的积极性。”
发放情况参差不齐，补贴效果也有待商榷，广西博白的刘老板有话说：“补贴不能调控猪价，不能阻止原材料上涨，养猪还是要靠生产力!”中国生猪预警网首席预警分析师冯永辉从资金链方面分析补贴问题，他认为：“母猪补贴的其中一个作用是防止规模母猪场资金链断裂。猪价过度低迷时，规模猪场可能欠缺资金维持运转。而一旦大量宰杀母猪，很可能出现来年能繁母猪存栏量大量减少、猪价过度波动的情况。”而现实是，国家往往在母猪存栏少，猪价高时推出补贴政策，旨在平抑猪价。
