1.充分认识农业生态环境巨大的生态系统服务价值，将其浓浓地渗透在经济活动的体制和政策之中
生态系统服务功能可归纳为四类，即供给服务、调节服务、支持服务和文化服务。其中，供给服务是通过市场交换的那一部分，其价值只占很小比例，而大多数生态服务功能是公共物品，无法进入市场，但对人类、对农业生产的价值是非常巨大的，甚至是“无法估量”的。试设想，如果没有生态系统空气和水的净化、旱涝的缓解、废弃物的去毒和分解、土壤及其肥力的形成和更新、农作物和天然植物的授粉、农作物大量潜在害虫的控制、种子的传播和养分的循环、生物多样性的维持、太阳紫外线的防护、气候的局部稳定、大风大浪的调节和控制、人类多样性文化的支撑以及审美和益智需求等生态功能，人类生存的条件和过程必将难以支撑和维持，农业生产也将全面崩溃。但这种“无法估量”的贡献，其“外部性”远未被“内化”，在指导今天的生态环境保护政策方面还较为单薄，还未根深蒂固地存在于人们的思维之中，也未深入渗透在社会和经济活动的体制和政策之中。这种状况将会降低生态补偿的支付意愿并形成严重障碍。为此，必须要认真贯彻落实科学发展观，正确认识生态系统服务价值、生态保护成本和发展机会成本，以提高执行生态补偿的自觉性、积极性。
2.建立中央政府与地方政府的合作分工补偿制度
生态功能区划和主体功能区划应是建立生态补偿机制的政策依据。在全国50个国家重点生态功能保护区中，涉及甘肃省对保障国家生态安全具有重要作用的生态功能区有：秦巴山地水源涵养重要区（含甘肃陇南和天水2个市），甘南水源涵养重要区，祁连山山地水源涵养重要区（涉及甘肃省9个县、市），黄土高原丘陵沟壑区土壤保持重要区（涉及甘肃的庆阳、平凉、天水、陇南、定西、白银市），以及黑河中下游防风固沙重要区（涉及甘肃省金塔县中部）和岷山一邛崃山生物多样性保护重要区（涉及甘肃4个县，含陇南市）。此外，还有全国性影响的大江大河（黄河、长江）和各类国家级自然保护区等，这些属于纯粹的公共物品，国家是这种公共利益或者受益主体的代理人，应由国家承担补偿责任。属于跨省际的（至多不超过3个省区）中尺度流域的生态补偿问题，例如跨青海、甘肃、内蒙古3省区 15个县（旗）的黑河流域，虽然保护和受益关系比较明确，但因同属西部贫困地区，相关方没有能力做出补偿。省域以下的流域生态补偿问题，本应由省内负责解决，但个别流域，例如涉及甘肃4市9县的石羊河流域，虽然“级别”较低，但其对河西走廊、整个甘肃；甚至对全国的生态安全都具有重要意义。上述省际和省内流域建议由国家继续作出补偿（国家已经实施了重大工程项目），地方政府积极协助。
