甘肃省于2004年颁布执行的甘肃省生态功能区划，将全省更加细化地区划为67个生态功能区。除前述的国家层级的重要生态功能区域外，属于地方性（省级、市州级、县区级）生态功能区和相应的自然保护区等，原则上依据“谁管理，谁补偿”的原则。鉴于甘肃省许多提供重要生态服务功能的地区，往往又是经济相对落后、地方财政较弱的地区，而“限制开发区”和“禁止开发区”的功能定位，又使其发展机会被剥夺，发展动力被削弱，必然进一步加剧区域间经济发展的不平衡，形成地区经济的“马太效应”。故此，上级政府应该强化对这些地区的生态补偿，以激励其加强功能区保护并提供优质生态服务的积极性。此外，随着保护型功能区级别的降低，相关利益方逐渐单一而具体，充分发挥市场主导的生态补偿模式也将会更具效率。
3.实施“谁开发、谁保护，谁破坏、谁恢复，谁受益、谁补偿，谁污染、谁付费”制度
根据全省生态功能区划，各地区应逐步明确农业生态环境各项组分的生态补偿责任主体，确定补偿的对象、范围等。开发利用者要承担环境外部成本，履行生态环境恢复责任，赔偿相关污染损失，支付占用环境容量的费用；受益者有责任向生态保护者支付适当的补偿费用。
矿产资源开发对土地、植被、大气和水环境都会造成破坏和污染。2006年的甘肃徽县水阳乡铅污染导致数千名群众受害事件，诉讼维权至今还很艰难。30多年来，石油开采导致的水污染，使甘肃庆阳蒲河、马莲河水质均为V类或劣V类，以致《中国环境报》发出疾呼：“苦水何日变甘泉？”鉴于甘肃矿产资源开发的光明远景，目前仅有《甘肃省石油勘探开发生态保护条例》是不够的，需要对全省整个矿产资源开发的生态环境保护和生态补偿做出全面规定。例如，对于能明确破坏主体的矿山环境，应完全由破坏者承担补偿并负责恢复治理；矿产开发前，开发者均应缴纳“恢复治理保证金”等。对于草原，甘肃省已实行了草原植被恢复收费制度，对其应继续完善并加大执法力度。对于河流污染，全国部分地区已推行了流域界面水质目标考核和生态补偿措施，并纳入了领导干部考核评价体系，我省也应组织试点。
